Однако, из-за продолжающейся и постоянно нарастающей конфронтации с западной мыслью и культурой, под вопрос ставится уже рациональная систематическая теология как таковая. Эти сомнения имеют особое значение в западном мире, благодаря историческому движению от Реформации через Просвещение к модернистской и постмодернистской мысли. В исламском мире, с другой стороны, смысл подобных сомнений радикально меняется в силу того факта, что они привнесены из-за границы и во многом идут вразрез со всей традицией исламской теологии. Действительно, некоторые мусульмане требовали опираться на Коран и хадисы, не прибегая к рациональному доказательству, что во многом разительно напоминает требования христианских реформаторов, однако эволюция отрицания философской теологии в христианской мысли привела к развитию нового направления христианской теологии, не имеющего аналогов в исламе. К тому же, философская основа отрицания любых форм рациональной теологии на Западе может быть обнаружена в таких различных школах, как экзистенциализм и научный реализм, которые воспринимаются как чужие в ходе внутримусульманских дискуссий.
Философская рефлексия, по крайней мере, в широком смысле слова, не ограниченная рамками никакой особой школы, многим мусульманским теологам представлялась поощряемой Кораном и хадисами, в особенности – в их шиитской интерпретации. Коран полон призывов обращать внимание на его знаки (аяты), как, например: «Вот, как часто Мы являем знамения, чтобы они могли понимать» (6:65) и предостережений против тех, кто не желает рассуждать, как-то: «Определенно, многих джиннов и людей сотворили Мы для ада, у них есть сердца, посредством коих они не понимают…» (7:179). Из-за многочисленности подобного рода аятов15 совершенно невозможно оправдать упорный антиинтеллектуализм на религиозной почве в контексте исламской культуры. Мусульманские мыслители не только поощрялись исламом в своих интеллектуальных изысканиях, они также поняли приведенные выше аяты как божественное повеление прибегать к философской рефлексии для понимания Корана и хадисов. Мудрость прославляема мусульманами, поскольку сам Коран провозглашает: «Он дарует мудрость, кому пожелает, и тот, кому была дарована мудрость, удостоился великого блага, и не вспоминают об этом никто, кроме обладающих мудростью» (2:269). Мусульмане могут расходиться в интерпретации термина хикма, употребленного в этом аяте, и даже если большинство согласится с тем, что он не относится к определенной традиции философской мысли, возникшей за века развития исламской мысли, найдется немного готовых отрицать, что интеллектуальная рефлексия в исламе имеет высокую религиозную ценность.
Аналогично, существует целый океан преданий, возводимых к Пророку (С) и Имамам (А),