Официально полномочия господина Сечина в Кремле сводились к составлению рабочего графика Владимира Путина и к контролю над документооборотом. Однако уже с 2001 года он участвует в разруливании промышленных конфликтов, хотя официальных полномочий решать какие-либо вопросы в области отношений госвласти и бизнеса он не имел до 2004 года, когда был выдвинут в совет директоров «Роснефти». Один из менеджеров «Роснефти» рассказывал тогда, что к назначению господин Сечин готовился крайне тщательно, полгода проводя еженедельные ночные совещания-семинары с менеджментом «Роснефти».
К тому времени господин Сечин уже был известен как ключевой игрок в «деле ЮКОСа», в аресте Михаила Ходорковского в 2003 году, как участник смещения Рема Вяхирева с поста главы «Газпрома», как неформальный лидер силовиков в Кремле – но без указания того, как именно он реализует свои возможности.
В 2004 году основной актив опальной компании «Юганскнефтегаз» купила на аукционе за 260,75 млрд руб. малоизвестная фирма «Байкалфинансгрупп». Впоследствии «Юганскнефтегаз» отошел «Роснефти». Однако на аукционе фирму «Байкалфинансгрупп» представляли сотрудники «Сургут-нефтегаза».
До сих пор нет достоверной информации о роли господина Сечина в сопротивлении «Роснефти» ее поглощению «Газпромом» в 2004—2005 годах (имя господина Сечина лишь один раз фигурировало в иске миноритариев ЮКОСа в США, суд отказал в его рассмотрении), в отстранении Николая Аксененко с поста главы МПС, в отставке Михаила Касьянова и главы Администрации Президента Александра Волошина, в десятках других важнейших конфликтов во власти, связанных с крупной собственностью, как правило, на стороне «Роснефти», которая в итоге и поглотила ЮКОС.
Похоже, Сечину до сих пор удавалось сохранить баланс отношений с коллегами и свое могущество. Об этом свидетельствует секретная докладная записка посла США в России, которая была размещена в конце 2010 года на скандально известном сайте WikiLeaks. Посол назвал Сечина «могущественной и скрытной личностью». Приводим текст записки полностью.
«На посту заместителя руководителя Администрации Президента при Путине Игорь Сечин окутал себя такой завесой секретности, что некоторые наблюдатели за политикой Кремля, особенно из стана либеральных экономистов, изображали его одномерной зловещей фигурой. В глазах этих аналитиков движут Сечиным исключительно личные интересы, из-за кулис он исполняет роль управляющего делами Путина, распределяя между теми, на кого тот укажет, средства и собственность. Другие, впрочем, рисовали Сечина более просвещенным, указывая на его позицию в вопросах бизнеса и международного сотрудничества как на индикатор более