С сентября 1999-го по ноябрь 2000 года Чемезов возглавлял «Промэкспорт». С 2000-го по апрель 2004 года – первый зам. гендиректора «Рособоронэкспорта», затем гендиректор. На вопрос о воинском звании ответил: «Генерал-лейтенант. Впрочем, форму надеваю раз в году». Председатель советов директоров «Оборонпрома», «Корпорации Ависма», «АвтоВАЗа». Член советов директоров «КамАЗа», «НПК «Иркут», «Концерна ПВО «Алмаз-Антей», «Авиационной компании «Сухой», Казанского оптико-механического завода. В декабре 2006 года Чемезов был введен в состав бюро высшего совета «Единой России».
Чемезову уже давно было тесно в роли главного торговца российским оружием. Сначала его «Рособоронэкспорт» спасал для государства «АвтоВАЗ», потом с политическим дисконтом выкупал у частных владельцев титанового монополиста «ВСМПО-Ависма». Еще более широкое поле для деятельности Чемезов получил, возглавив госкорпорацию «Российские технологии».
В 2008-м министр финансов Алексей Кудрин обвинил «Ростехнологии» в попытке скрытой приватизации передаваемого госкорпорации федерального имущества. Глава Минфина потребовал исключить из перечня передаваемых «Ростехнологиям» госактивов предприятия гражданских отраслей промышленности, доли РФ в зарубежных совместных предприятиях, а также один из ключевых оборонных холдингов – ОАО «ОПК «Оборонпром».
Еще Алексей Кудрин протестовал против способов финансирования деятельности «Ростехнологий» за счет самостоятельной продажи части передаваемых ей госактивов. «Реализация данного предложения является скрытой формой приватизации, а также предполагает как непрозрачность механизмов продажи данных активов, так и отсутствие контроля над использованием этих доходов самой госкорпорацией», – писал Кудрин.
Такая практика, по его мнению, направлена на увод доходов от продажи госактивов из федерального бюджета. Изначально в перечень приватизируемых предприятий входило примерно 250 компаний с госучастием, однако позже список был расширен до 600 предприятий. А антимонопольное ведомство тогда же выступило против передачи «Ростехнологиям» госпакетов акций предприятий, контролируемых частными акционерами, как например, «КамАЗ» и УАЗ.
Между тем руководство автогиганта «АвтоВАЗ» за три года так и не сумело выстроить эффективную систему управления. Генпрокурор Юрий Чайка заявил о том, что Генеральная прокуратура РФ приступила к анализу итогов эффективности управления имуществом «АвтоВАЗа». Тогда же к проверке тольяттинского автогиганта приступили аудиторы