Después de la batalla, según el testimonio de Baltazar Agüero, las disposiciones de Quiroga fueron las siguientes:
El general vencedor circuló órdenes, para que ninguno fuese insultado por opiniones políticas: no se procedió a la prisión de persona alguna en toda la provincia; invitó a cuantos se hubiesen ausentado fuera de ella, para que vuelvan libremente a sus hogares; los intereses de todos fueron garantidos, y se corrió un velo general a todos los resentimientos pasados.195
Como consecuencia de la batalla de El Puesto la Junta Provincial Gubernativa ascendió un grado a los oficiales que participaron en la acción, reconociendo como coronel mayor y comandante general de la Provincia a Juan Facundo Quiroga.196 El despacho de Quiroga, por el que se le reconocía con el grado equivalente a general, fue otorgado en nombre de la Nación de Sud América.197
Manuel Corvalán en el informe sobre su comisión mediadora enviado al gobierno de Mendoza decía sobre la actitud de Quiroga:
Yo faltaría a la justicia y a mi deber si no recomendase a V. S. la generosidad con que se manifestó el coronel Quiroga luego que se impuso de las comunicaciones de V. S. y carta del Sr. General San Martín, que me dijo que miraba a ambas mediaciones con el más alto respeto, y que de consiguiente, y en su obsequio, todo el asunto lo dejaba a mi arbitrio, en la inteligencia que fuese cual fuere la transacción que hiciese, con la sola excepción de que en el caso de hallarse por conveniente la permanencia del Gobernador Dávila, y tener poderosos motivos para desconfiar de su conducta, se le concediese un término prudente para recoger sus haciendas, y pasarlas a esa, donde pensaba comprar un casco de estancia, para fijar su subsistencia y estabilidad en quietud; así es que, cuando lleno de satisfacción me acercaba a La Rioja, ya la Junta había decretado el cese de Dávila, y tuve que retrogradar de sus inmediaciones, por las causales que verá V. S. en los indicados números quedando por este evento inutilizada mi pretensión lisonjera.198
El 20 de junio, según surge del acta de la Junta de Representantes, Quiroga presentó su renuncia a su grado de coronel mayor y comandante general de las Milicias de la Provincia –no al cargo de gobernador, que no lo era, como sostienen la mayor parte de la historiografía– renuncia que no fue aceptada. Según el acta Quiroga habría expresado en su renuncia:
…se digne la Junta determinar de las armas que están en su poder correspondientes al Estado y que por las compradas con su dinero le permitan conservarlas en clase de negociación y que juntamente le permitan salir de la Provincia para avecindarse en otro destino y recuperar con su trabajo sus intereses perdidos y las considerables sumas gastadas de su peculio en la pacificación del país con la acción del 28 de mayo anterior.199
Por lo que puede reconstruirse a partir de la documentación existente en el Archivo de Quiroga, el Gobierno de La Rioja, sin considerar a los gobernadores delegados, se ejerció de la siguiente forma:
-Nicolás Dávila, desde septiembre de 1820 hasta el 9 de mayo de 1823.
-Junta Provincial Gubernativa, desde el 9 de mayo hasta el 12 de junio de 1823.
-Manuel Antonio Blanco, desde el 12 de junio de 1823 hasta el 24 de marzo de 1824.200
-Junta Gubernativa, desde 24 de marzo hasta el 3 de abril de 1824.201
-Baltazar Agüero, desde el 3 de abril de 1824 hasta el 22 de julio de 1825.202
Todo hace suponer que se cumplió con la fecha fijada para la convocatoria al Cabildo Abierto para designar gobernador, según se menciona en la Proclama de la Junta Provincial del 9 de junio.203 En los documentos posteriores la Junta retoma el nombre de Junta Representativa y Blanco es quien mantuvo la correspondencia con Quiroga en su carácter de gobernador de la Provincia.204 Esta vez tuvo razón Sarmiento frente al error cometido por el conjunto de la historiografía cuando dijo que Quiroga nombró o hizo nombrar gobernador a un Blanco. No hay ningún hecho significativo durante el mes de julio que permita explicar el error que establece el 22 de ese mes como el día en que cesó en el gobierno Juan Facundo Quiroga, quien seguramente, en esa fecha, se encontraba en Los Llanos.205
El propio Quiroga es quien en la Exposición Sumaria… expresa que después de la batalla de El Puesto no asumió la gobernación de la Provincia:
…encargado por la H. Sala de la Provincia para obligar al señor Dávila a dejar el mando que había usurpado en contravención de las leyes contra la voluntad de los representantes, llené aquella delicada misión conformándome a las instrucciones que me fueron dadas, y después de derrotado en Puesto el gobernador intruso, me presenté a la Sala entregándole las tropas, las armas y hasta mis despachos. No se quiso admitir mi renuncia, y continué sirviendo en un empleo subalterno, cuando nada se oponía a que ocupase lo principal.206
La documentación existente en el Archivo de Quiroga permite establecer que después de la batalla de El Puesto Quiroga fue informado sobre la Convención Preliminar de Paz firmada por el Gobierno de Buenos Aires y los representantes del Gobierno Liberal español,207 y, contradictoriamente con esa política exterior, de las tentativas de organizar una fuerza armada que interviniese en el Alto Perú, contra las fuerzas realistas que aún controlaban el territorio.208 San Martín pidió a Quiroga su colaboración en apoyo de uno de los oficiales pertenecientes a esa fuerza:
Sr. Don Facundo Quiroga.
Mendoza, septiembre 17 de 1823.
Muy Señor mío y apreciable paisano: El Sargento Mayor Toro de la División del Coronel Urdininea, pasa a incorporarse a ella conduciendo pliegos muy importantes del Gobierno de Chile para su Jefe; ruego a Ud. se sirva dispensarle su protección para su importante viaje, a lo que le quedará reconocido su afectuosísimo paisano y seguro servidor Q.B.S.M. José de San Martín.209
Alguna correspondencia o documentos difundidos por Francisco Ortiz de Ocampo intentaron obstaculizar la relación que existía entre San Martín, Corvalán y Quiroga difundiendo lo que definieron como calumnias. Una carta de Corvalán, permite comprobar la opinión de San Martín sobre Quiroga, a quien siempre distinguió:
…He tenido siempre oír a estos magistrados y al General San Martín haciendo así la justicia debida a su mérito y patriotismo, no menos al mejor orden. Desearíamos todos que Ud. se apersonase en ésta y tocaría más de cerca el aprecio que le profesa este vecindario y el General San Martín…