En junio el gobernador de San Luis informó a Quiroga que le sería otorgada una medalla con motivo de su participación en contra de la sublevación de los prisioneros realistas:
Mi amigo muy querido: Contesto con el mayor placer a su carta del 7 del corriente, la que recibí en circunstancias en que deseaba con impaciencia saber de Ud., pues hasta entonces no había tenido la menor noticia ni contestación alguna de ese Señor Teniente Gobernador. Yo he celebrado mucho más allá de lo que Ud. pueda imaginarse las consideraciones que le ha merecido.
El Supremo Gobierno me ha hecho el honor de consultarme los premios a que se hicieron acreedores los defensores del orden, en la horrorosa conspiración del 8 de febrero y a consecuencia propuse un Escudo para todos los oficiales y una medalla para los miembros del ilustre Cabildo, lo que ha sido aprobado y espero que me serán remitidas en primera oportunidad. Luego que lleguen tendré la satisfacción de remitirle la que ha merecido Ud. tan dignamente.
He recibido la carga de naranjas que Ud. me ha remitido, cuya fineza la he apreciado del modo más vivo, así por ser exquisitas y particulares en este destino, como por ser un obsequio de un amigo a quién aprecio de un modo singular. Con el mismo miliciano que trajo las naranjas, le remito a Ud. seis quesos para que los tome en mi nombre.
Dentro de pocos días pienso mandar a su consignación un individuo para que con él me remita cuatro barriles de vino de los mejores que se encuentren en ese destino, pero con la precisa condición de que me he de hacer cargo de su importe, sin cuya circunstancia no los admitiré.
No deje Ud. de escribirme en cuantas proporciones tenga, que yo jamás dejaré de contestarle con el mayor placer. Ruego a Ud. con todo el sentido de la expresión, recuerde todos los momentos el aprecio que me debe y ocupe con toda confianza y sin ceremonia a quién será eternamente su buen amigo.101
Los términos de la carta, la amistad que manifiesta y los pedidos que hace el gobernador de San Luis distan mucho del tratamiento que hubiese tenido con una persona a la que se tuvo presa por montonero según cuenta la leyenda. El 16 de octubre Dupuy envió a Quiroga, por intermedio del gobernador de La Rioja, la medalla que se le había otorgado.102
En los primeros años de su actuación pública Quiroga aparece subordinado a su gobierno que, a su vez, no tiene conflictos con los gobiernos centrales. Además de su apoyo a los ejércitos de la independencia, colaboró también con la división del Ejercito del Norte que al mando de Bustos combatía contra las montoneras santafecinas. Un oficio del gobernador de La Rioja le dio instrucciones detalladas sobre la forma en que debía conducir una fuerza de ciento veinte hombres en apoyo de esa división. Debía formar una vanguardia armada, una escolta al centro y una retaguardia, para custodiar a la columna que se enviaba. Quiroga y su segundo debía recorrer la columna de un extremo a otro. Se debía dar a los reclutas las mulas más lerdas para dificultar su fuga. Todo movimiento debía hacerse a la vista de los centinelas, debiendo marchar siempre de día.103 Tales medidas, que nunca se aplicaron en los ejércitos de Quiroga, demuestran la impopularidad de la guerra que el poder central mantenía en ese momento contra las montoneras del Litoral. Quiroga hizo entrega en Córdoba, al mayor de la Plaza, ochenta y un reclutas.104
En una actitud coherente con su apoyo al poder central Quiroga juró la Constitución unitaria de 1819.105 Por eso cuando años más tarde Quiroga en carta a Rosas decía ser “unitario por convencimiento”,106 no hizo otra cosa que reflejar la realidad. En su actuación pública inicial fue un verdadero unitario; estaba muy lejos de haber sido el rebelde creado por la leyenda. En su Archivo hay pocos borradores de las cartas que escribió en la primera época de su actuación pública y no surge de esos borradores su opinión sobre el federalismo. Pero se encuentra una carta de su colaborador, después general, José Benito Villafañe, con sus opiniones adversas al sistema de federación ya que sus defensores no ponían en un primer plano “la causa de América”. Decía Villafañe:
A mi ver quieren, mediante la federación, eternizarse en los gobiernos… Los oficios de aquél Gobierno no tratan de lo principal de la causa, y solo se contraen a sostener la integridad de los Gobiernos, por lo que en uno de mis contestos incluyo la causa de América de oficio con el objeto de recordarles políticamente el primer deber de sus obligaciones y la causa primera que debieran recomendar por preliminares fundamentos.107
En enero de 1820 se originó una disputa entre el gobernador Barrenechea y Nicolás Dávila que aspiraba a sucederlo. Dávila envió armas y dio instrucciones sobre la reunión de tropas a Quiroga invocando una posible invasión desde Catamarca.108 Con este motivo el gobernador envió una carta a Quiroga en la que le pedía que no interviniese en el conflicto:
Mi distinguido amigo: está vulgarizado en este pueblo que Ud. trata de reunirse con D. Nicolás Dávila para hostilizar a este pueblo desobedeciendo a este Gobierno. Yo persuadido de sus buenos sentimientos y de nuestra amistad no he dado el menor valor a esta noticia que lastimaría demasiado el corazón de su padre si llega a saberlo. Pero yo espero que Ud. en obsequio a la paz de este vecindario no se aventure a un paso que obscurece su reputación y buen nombre, antes por el contrario creo que Ud. debe en cumplimiento de la orden que le dio el Cabildo Gobernador ponerse en marchas redobladas (si no lo ha verificado) hacia esta ciudad con la gente de su mayor confianza…109
Dos días después Barrenechea informó a Quiroga que había sido designado Gobernador y que lo reconocía como sargento mayor y comandante interino de las milicias de Los Llanos.110
En enero de 1820 el Batallón Cazadores de los Andes, que pertenecía al Ejército de San Martín, se sublevó en San Juan.111 La sublevación estuvo encabezada por el capitán Mendizábal y los tenientes Morillo y del Corro. Los sublevados invocaban su acatamiento al director supremo frente a la desobediencia de San Martín y de los gobiernos de Cuyo que se habían negado a participar en la guerra civil y preparaban la campaña al Perú.112 También se sublevaron, en combinación con este movimiento, los hermanos Francisco y José Aldao en Mendoza. En junio Quiroga recibió orden del gobernador Francisco Ortiz de Ocampo para que preste apoyo logístico al Batallón de San Juan que pasaría por Los Llanos en dirección a Salta, que había sido invadida por las fuerzas realistas. Su objetivo declarado era apoyar a Güemes, pero en realidad lo que hacían, sin depender de gobierno alguno, era crear una situación de inestabilidad en las provincias de Cuyo y del Noroeste.113