Forskning i den naturlige reservoir af virus stamme, der forårsagede 2002-2004 SARS udbruddet har resulteret i opdagelsen af mange SARS-lignende bat coronaviruses, mest med oprindelse i Rhinolophus slægten af hestesko flagermus, og tovirale nukleinsyre sekvenser fundet i prøver taget fra Rhinolophus sinicus viser en lighed på 80% til SARS-CoV-2.En tredje viral nukleinsyre sekvens fra Rhinolophus affinis, indsamleti Yunnan provinsen og udpeget RaTG13, har en 96% lighed med SARS-CoV-2.Bats betragtes som den mest sandsynlige naturlige reservoir af SARS-CoV-2, men forskellene mellem bat coronavirus og SARS-CoV-2 tyder på, at mennesker blev smittet via en mellemliggende vært.
En metagenomisk undersøgelse offentliggjort i 2019 tidligere afsløret, at SARS-CoV, stammen af virus, der forårsager SARS, var den mest udbredte coronavirus blandt en prøve af Sunda pangolins. februar 2020 blev det annonceret, at forskere fra Guangzhou havde opdaget en pangolinprøve med en viral nukleinsyresekvens "99% identisk" med SARS-CoV-2. [51] Når de frigives, resultaterne præciseret, at "receptor-bindende domæne af S-protein af den nyopdagede Pangolin-CoV er næsten identisk med 2019-nCoV, med en aminosyre forskel." [52] Pangogolitter er beskyttet i henhold til kinesisk lovgivning, men deres krybskytteri og handel til brug i traditionel kinesisk medicin er stadig almindelig. [53][54]
Mikrobiologer og genetikere i Texas har uafhængigt fundet tegn på reassortment i coronaviruses tyder inddragelse af pangolitter i oprindelsen af SARS-CoV-2. [55] Pangolin coronaviruses, der hidtil kun har fundet 92% af hele deres genomer med SARS-CoV-2, hvilket gør dem mindre ens end RaTG13 til SARS-CoV-2. [56] Dette er utilstrækkeligt til at bevise, at pangogoiner er den mellemliggende vært; til sammenligning delte SARS-virus, der var ansvarlig for udbruddet i 2002-2004, 99,8 % af genomet med en kendt civet coronavirus.
HESTESKO FLAGERMUS er blandt de mest sandsynlige naturlige reservoirer af SARS-CoV-2
Fylogenetik og taksonomi
SARS-CoV-2 tilhører den brede familie af virus kendt som coronaviruses. Det er en positiv-sense enkelt-strandede RNA (+srna)virus. Andre coronaviruses er i stand til at forårsage sygdomme lige fra forkølelse common cold til mere alvorlige sygdomme som Mellemøsten luftvejssyndrom (MERS). Det er den syvende kendte coronavirus at inficere mennesker, efter 229E, NL63, OC43, HKU1, MERS-CoV, og den oprindeligeSARS-CoV. [57]
Ligesom sars-relaterede coronavirus stamme impliceret i 2003 SARS udbruddet, SARS-CoV-2 er medlem af subgenus Sarbecovirus (beta-CoV afstamning B). [58][59] Dens RNA-sekvens er ca. 30.000 baser i længden. SARS-CoV-2 er unik blandt kendte betacoronavirus i dets inkorporering af et polybasic spaltningssted, en egenskab, der er kendt for at øge patogenicitet og overførbarhed i andre vira. [60][61]
Med et tilstrækkeligt antal sekvenserede genomerer det muligt at rekonstruere et fylogenetisk træ af mutationshistorien for en virusfamilie. januar 2020 var fem genomer af SARS-CoV-2 blevet isoleret fra Wuhan og rapporteret af det kinesiske Center for Disease Control and Prevention (CCDC) og andre institutioner; [62] antallet af genomer steg til 42 i 2020. [63] En fylogenetisk analyse af disse prøver viste, at de var "meget beslægtede med højst syv mutationer i forhold til en fælles forfader",hvilket antyder, at den første infektion hos mennesker fandt sted i november eller december 2019. marts 2020 var 1.495 SARS-CoV-2-genomer, der blev udtaget prøver af på seks kontinenter, offentligt tilgængelige. [64]
februar 2020 meddelte Den Internationale Komité for Taksonomi af Vira (ICTV), at ifølge de eksisterende regler, der beregner hierarkiske relationer mellem coronaviruses på grundlag af fem bevarede sekvenser af nukleinsyrer, varforskellene mellem det, der dengang blev kaldt 2019-nCoV, og virusstammen fra SARS-udbruddet i 2003 utilstrækkelige til at gøre dem til separate virusarter. Derfor identificerede de 2019-nCoV som en stamme af svær akut respiratorisk syndrom-relateret coronavirus.. [2]
|
|
|
| NCBI-genom-id | MN908947 |
| Genomstørrelse | 29.903 baser |
| Afslutningsår | 2020 |
STRUKTUREL BIOLOGI
Hver SARS-CoV-2 virion er ca. 50-200 nanometer i diameter. Ligesom andre coronaviruses har SARS-CoV-2 fire strukturelle proteiner, kendt som S (spike), E (kuvert), M (membran) og N (nukleocapsid)proteiner; N-proteinet holder RNA-genomet, og S-, E- og M-proteinerne skaber sammen den virale kuvert.. [65] Spike-proteinet, som er blevet afbildet på atomniveau ved hjælp af kryogen elektronmikroskopi,[66][67] er det protein, der er ansvarligt for at lade virussen binde sig til og smelte med membranen i membrane en værtscelle.
––––––––
STRUKTUREN AF EN SARSR-CoV virion
––––––––
SARS-COV-2 SPIKE HOMOTRIMER med en protein underenhed fremhævet; ACE2 bindingsdomænet er i magenta
Proteinmodelleringsforsøg på viruss spikeprotein antydede hurtigt, at SARS-CoV-2 har tilstrækkelig affinitet til receptorangiotensin, der konverterer enzym 2 (ACE2) på humane celler for at bruge dem som en mekanisme for celleindgang.. januar 2020 viste en gruppe i Kina, der arbejder med det fulde virusgenom og en gruppe i USA ved hjælp af omvendte genetikmetoder uafhængigt og eksperimentelt, at ACE2 kunne fungere som receptor for SARS-CoV-2. [69][70][71] Undersøgelser har vist, at SARS-CoV-2 har en højere affinitet til human ACE2 end den oprindelige SARS-virusstamme. [66][72] SARS-CoV-2 kan også bruge basigin til at hjælpe med celleindførsnekstning. [73]