Embassament
––––––––
LES PRIMERES INFECCIONS conegudes de la varietat SARS-COV-2 van ser descobertes a Wuhan, Xina. la font original de transmissió viral als humans no està clara, igual que la soca es va convertir en patogènica abans o després de l' esdeveniment spillover. Com que molts dels primers individus trobats per ser infectats pel virus van ser els treballadors en el mercat de marisc de huanan, s 'ha suggerit que la soca podria haver originat en el mercat. No obstant això, altres investigacions indiquen que els visitants poden haver introduït el virus al mercat, que després va facilitar l'expansió ràpida de les infeccions.
La investigació sobre l' embassament natural de la soca de virus que va causar el brot del SARS de l 'any 2002 – 2004 s'ha traduït en la descoberta de molts coronavirus de ratpenats com el del SARS, la majoria del gènere Rhinolophus dels ratpenats de ferradura, i dues seqüències d'àcid víric que es troben en mostres preses de Rhinolophus sinicus mostren una semblança del 80% al SARS-COV-2. una tercera seqüència d'àcids nucleics virals de Rhinolophus affinis, recollides a la província de Yunnan i designada RaTG13, té un 96% de semblança amb el SARS-COV-2. els ratpenats són considerats com l'embassament natural més probable del SARS-COV-2, però les diferències entre el coronavirus del Ratpenat i el SARS-COV-2 suggereixen que els humans van ser infectats a través d'un hoste intermedi.
Un estudi metagenòmic publicat en 2019 va revelar prèviament que el SARS-COV, la soca del virus que provoca el SARS, va ser el coronavirus més àmpliament distribuït entre una mostra de pangolinsde la sonda. [50] el 7 de febrer de 2020, es va anunciar que els investigadors de Guangzhou havien descobert una Mostra de pangolí amb una seqüència d'àcids nucleics virals "99% idèntiques" a SARS-COV-2. [51] quan es va alliberar, els resultats van aclarir que "el domini d'Unió de receptors de la proteïna S del recentment descobert pangolin-COV és pràcticament idèntic al de 2019-ncov, amb una diferència d' aminoàcid ." [52] els pangolins estan protegits per la Llei xinesa, però la seva caça furtiva i el seu ús en la medicina tradicional xinesa segueix sent comuna. [53] [54]
Els microbiòlegs i genetistes de Texas han trobat de forma independent evidència de reassortiment en els coronavirus que suggereixen la implicació dels PANGOLINS en l'origen del SARS-COV-2. [55] no obstant això, els coronavirus de pangolí només es van trobar amb la data en la majoria del 92% dels seus genomes SENCERS amb el SARS-COV-2, fent-los menys similars que RaTG13 al SARS-COV-2. [56] això no és suficient per demostrar que pangolins sigui l'amfitrió intermedi; en comparació, el virus del SARS encarregat del brot de l'any 2002 – 2004 compartia el 99,8% del seu genoma amb un conegut coronavirus de la Civeta .
ELS RATPENATS DE FERRADURA es troben entre els embassaments naturals més probables del SARS-COV-2 .
Filogènia i taxonomia
SARS-CoV-2 pertany a l'àmplia família de virus coneguts com coronavirus. És un virus d' ARN monocatenat (+ssrna) de sentit positiu. Altres coronavirus són capaços de causar malalties que van des del refredat comú a malalties més severes com la Síndrome respiratòria de l'Orient Mitjà (MERS). És el setè conegut coronavirus per infectar a la gent, després de 229e, NL63, OC43, HKU1, MERS-COV, i l'original SARS-COV. [57]
Com la soca de coronavirus relacionada amb el Sars, implicada en el brot del SARS 2003, SARS-COV-2 és membre del subgènere sarbecovirus (beta-COV llinatge B). [58] [59] la seva seqüència d' arn és d'aproximadament 30.000 bases de longitud. El SARS-CoV-2 és únic entre els betacoronavirus coneguts en la seva incorporació d'un jaciment de cleavatge polybasic, una característica coneguda per incrementar la patogenicitat i la transmissibilitat en altres virus. [60] [61]
Amb un nombre suficient de genomesseqüenciats, és possible reconstruir un arbre filogenètic de la història de la mutació d'una família de virus. El 12 de gener de 2020, cinc genomes del SARS-CoV-2 havien estat aïllats de Wuhan i reportats pel centre xinès per al control i la prevenció de malalties (ccdc) i altres institucions; [62] el nombre de genomes va augmentar a 42 el 30 de gener de 2020. [63] una anàlisi filogenètic d'aquestes mostres va mostrar que estaven "altament relacionats amb la majoria de set mutacions relatives a un avantpassat comú", el que implica que la primera infecció humana es va produir al novembre o desembre de 2019. [63] a partir del 27 de març de 2020, 1.495 SARS-COV-2 genomes mostrejats en sis continents van ser públicament disponibles. [64]
L' 11 de febrer de 2020, el Comitè Internacional de taxonomia de virus (ICTV) va anunciar que d'acord amb les regles existents que calculaven les relacions jeràrquiques entre els coronavirus sobre la base de cinc seqüències d ' àcids nucleics, les diferències entre el que llavors s'anomenava 2019-NCOV i la soca del virus del brot del SARS 2003 eren viral species Per tant, van identificar 2019-nCoV com una varietat de coronavirus de la Síndrome respiratòria aguda greu. [2]
|
|
|
| Identificador del genoma NCBI | MN908947 |
| Mida del genoma | 29.903 bases |
| Any de finalització | 2020 |
BIOLOGIA ESTRUCTURAL
Cadascun dels SARS-COV-2 virió és aproximadament de 50 – 200 nanòmetres de diàmetre. Com altres coronavirus, SARS-COV-2 té quatre proteïnes estructurals, conegudes com les proteïnes s (Spike), E (sobre), M (membrana) i N (nucleocàpside); la proteïna N conté el genoma de l'ARN, i les proteïnes S, E i M creen l' embolcall viral. [65] la proteïna Spike, que ha estat fotografiada a nivell atòmic utilitzant microscopia electrònica criogènica,[66] [67] és la proteïna encarregada de permetre que el virus s'adjunti i es fusionen amb la membrana d'una cèl·lula hoste.
––––––––
ESTRUCTURA DEL SARSR-COV virió
––––––––