С приходом к власти большевиков сразу же начались гонения на Церковь. И отец Иларион сделался посредником между патриархом и государством, верной опорой Святейшему Тихону в отстаивании интересов Церкви. Архимандрит Иларион занял при патриархе должность секретаря и главного консультанта по богословским вопросам, за которой на деле стояла роль человека, во всех контактах с советской властью заслонявшего собой патриарха…
10 марта 1919 года архимандрит Иларион был арестован и заключен в Бутырскую тюрьму. Своим близким он писал из тюрьмы со свойственным ему оптимизмом:
«Завтра исполнится два месяца, как я арестант, и продолжаю состоять таковым, а сколько мне остается быть таковым – не знаю. Вызывали меня к следователю. “Дело” мое и следователю показалось смешным, и вины он никакой не нашел. “Завтра, – говорит, – об этом доложу в коллегии”. Увы! После допроса прошло 16 дней, а я ничего о себе не знаю. Вопрос “почему?” в нашей славной республике вообще ведь неуместен.
Живу я по-прежнему хорошо: совсем здесь обжился, будто так и нужно. Здесь я даже поправился, потолстел, физически чувствую себя совсем хорошо. Чтобы усилить циркуляцию крови – начал ходить на работу, например выкачивать воду из тюремных подвалов. Хорошо, что несколько часов проведешь на воздухе и немного мускулы разовьешь. За работу еще фунт хлеба прибавляют. Питаюсь по настоящему времени прекрасно. Время идет незаметно; даже досадно, что, например, книги медленно читаются. Жизнь идет размеренная, правильная. Будь все это где-нибудь в хорошей местности, прямо санаторий. Весна что-то плохо о себе заявляет в природе, а потому как-то не обидно быть за стенами и решетками… Сейчас в камере собралось у нас три профессора. Читаем время от времени лекции: прошли курс стенографии. Прямо считаю нужным сказать, что эти два месяца прожил я и не без пользы, и даже интереснее, чем жил бы вне тюрьмы».
Первое его тюремное заключение продолжалось около трех месяцев.
В день памяти святителя Ермогена, 12 (25) мая 1920 года, в храме Троицкого патриаршего подворья архимандрит Иларион был хиротонисан патриархом Тихоном во епископа Верейского, викария Московской епархии. Святителю было 33 года.
В своем слове в день наречения владыка Иларион сказал: «…Боялся архиерейства и всегда немало говорил против своего епископства. А ныне стою перед вами, архипастыри, приняв звание ваше, и нимало вопреки глаголю, ибо тверда моя надежда на Господа. Вижу ныне ясно, что велика нужда в делателях на ниве Божией… Господь Милосердый да примет душу мою, сию малую лепту, вметаемую в сокровищницу Церкви, для употребления на общую пользу. Воля Господня да будет. Но исповедую и то, что ныне смущает бедную душу мою. Был я грешным мирянином, стал грешным монахом, сделался грешным иереем, но быть грешным архиереем – трепещу. “Чем столько согрешила Церковь Божия, чем так прогневала Владыку своего, чтобы быть ей предоставленною мне, презреннейшему