А своим студентам отец Иларион говорил о необходимости «освободительной войны» в богословии, освободительной от католического и протестантского влияния, от схоластического духа, проникшего в школьное богословие:
«В эти военные дни я и обращаюсь к вам с призывом. Вы освобождены от воинской повинности, вы сидите не в окопах, а за партами – так не уклоняйтесь от необходимого набора в воинство Христово, в действующую уже небольшую армию богословов! Схоластическая крепость – это наш, академический участок общего фронта».
В мае 1915 года за свои труды архимандрит Иларион был награжден орденом Cвятой Анны II степени.
После событий февраля 1917 года в академии произошли перемены. Новым обер-прокурором от Временного правительства В.Н.Львовым с должности ректора был смещен епископ Феодор, а временное управление академией возложено на инспектора архимандрита Илариона. Но уже в следующем учебном году (1917–1918) ректором был избран профессор А.П.Орлов, а архимандрита Илариона назначили помощником ректора.
Как инспектор, а потом проректор отец Иларион заботился в первую очередь о воспитании в студентах церковности. Он привлекал их к активной церковной, просветительской и проповеднической деятельности. С.Волков в своих воспоминаниях дал такой портрет владыки Илариона: «Высокий и стройный, c очень умеренной и пропорциональной полнотой, с ясным и прекрасным взглядом голубых глаз (он был немного близорук, но никогда не пользовался очками), всегда смотревший уверенно и прямо, с высоким лбом… с небольшой окладистой русой бородой, звучным голосом и отчетливым произношением, он производил обаятельное впечатление. Им нельзя было не любоваться… Пожалуй, целостность и была главной чертой его личности. Это смелый, исключительно талантливый человек все воспринимал творчески… Иларион благодатно влиял на меня своей личностью – прямотой, властностью в отстаивании своих убеждений, восторженностью совершаемого им богослужения, энергией и жизнерадостностью… У него самого была поразительная восторженность и любовь ко всему, что было ему дорого и близко, – к Церкви, к России, к академии, и этой бодростью он заражал, ободрял и укреплял окружающих». В воспоминаниях Волкова есть даже такая характеристика архимандрита Илариона: «Для меня Иларион стоит в одном ряду с такими лицами, как патриарх Никон… Илариону нужен был простор исторической арены, чтобы размахнуться чисто по-русски…»
15 августа 1917 года, в день Успения Божией Матери, в Успенском соборе Московского Кремля начал свою работу Поместный