Разгромной критике и осуждению были подвергнуты его «Основы общей психологии», вновь опубликованные со значительными дополнениями в 1946 г. Если первое издание (1940) этого фундаментального труда стало для Рубинштейна подлинным триумфом, то второе оказалось почти катастрофой. Книгу осудили как космополитическую, а ее автора сняли со всех постов. Начались бесконечные грубые проработки в газетах и журналах, на заседаниях в Институте философии, в Институте психологии, в МГУ, на общем собрании АПН РСФСР, в пединститутах и т. д. В апреле 1949 г. был подписан приказ об освобождении Рубинштейна от обязанностей заведующего кафедрой психологии МГУ. На дверях аудитории, где должен был читать лекции Рубинштейн, часто вывешивался плакат «Долой космополита С.Л. Рубинштейна!» Заведующим кафедрой психологии вместо Рубинштейна стал Б. М. Теплов, а после его ухода с этого поста по личной просьбе – А. Н. Леонтьев (с февраля 1951 г.)[20]. В том же 1949 г. Рубинштейн перестал быть заведующим созданного им сектора психологии в Институте философии. От Рубинштейна требовали, чтобы он, во-первых, сам подал заявление об уходе с работы из Института философии АН СССР и, во-вторых, чтобы он в печати признал свои космополитические ошибки. Он долго отказывался, но в 1949 г. все же был вынужден написать такое заявление об уходе с работы «по собственному желанию». Однако президент Академии наук СССР С. И. Вавилов настоял на том, чтобы ему разрешили остаться в Институте философии в качестве старшего научного сотрудника. (А. В. Брушлинский).
Хотя гонения на Рубинштейна не кончились, он упорно и систематически работал над новой философско-психологической рукописью «Бытие и сознание», продолжающей его, рассыпанную в верстке, книгу «Философские корни психологии».
Рубинштейн в своей книге «Бытие и сознание» (1957) разрабатывает принцип детерминизма как ключевой для философии, психологии и самой социальной жизни метод, решая задачи психологии не только в философском, но и в социальном и мировоззренческом контекстах. На основе предложенного им принципа детерминизма он дает философское обоснование роли внутреннего как ведущего в соотношении с внешним, применяя это положение для отстаивания самостоятельности психологии и специфики ее предмета.
Уже в работах 1920-х гг. Рубинштейн употребляет соотносительные понятия внешнего и внутреннего, которые позднее появляются на страницах «Основ общей психологии». В конце 1940-х гг. он уже вплотную приступает к исследованию проблемы детерминации психического. Одной из важнейших методологических особенностей новой формулы детерминизма было преобразование ложно поставленной философской проблемы: либо психически материально, и тогда объясняется только физиологически, либо оно идеально, тогда его сущность постигаема только за пределами материального мира.