Не дожидаясь выхода в свет этого учебника, он садится за написание следующего – «Основ общей психологии». И если первые «Основы психологии» все годы, прошедшие с момента их издания, служили единственным учебным пособием в университетском преподавании психологии, то новая книга «Основы общей психологии» становится средоточием научной жизни всей советской психологии – учебной, организационной, исследовательской. В этом труде он (как отмечается в одной из рецензий) впервые всесторонне и обоснованно представил психологию как относительно законченную систему в свете материалистической диалектики: «В этом труде профессор С. Л. Рубинштейн по существу подвел итоги развитию советской психологии за 25 лет… и наметил новые пути ее дальнейшего плодотворного развития на основе марксистско-ленинской методологии… Выдающиеся научные достижения профессора Рубинштейна в области теоретической разработки психологической науки нашли свое блестящее применение в целом ряде областей (языкознании, искусстве)…» В многочисленных рецензиях на книгу как на «выдающийся труд», отмечается, что она представляет собой «коллективный опыт советских психологов», где «впервые обобщается опыт советской науки», благодаря чему мы видим психологию как советскую науку, «как новый этап в развитии этой науки вообще». Работа над «Основами общей психологии» заканчивается в 1940 г.
«Уже с самого начала войны Рубинштейн проявил большое личное мужество, добровольно оставшись в осажденном Ленинграде для того, чтобы в качестве проректора организовать работу пединститута в тяжелейший период вражеской блокады. В первую, самую трудную блокадную зиму 1941—1942 гг. он работал над новым, дополненным изданием своих „Основ“ (оно вышло в свет в 1946 г.)»[16]. Рубинштейн принимает активное участие в организации обороны города, в помощи населению, научным работникам. Вместе с другими ленинградскими психологами он организует консультационную помощь делу обороны Ленинграда, разработке системы маскировки контуров архитектурных памятников, делу радиолокации. Он готовит информацию для командования о концепции Е. Крюгера об особенностях психологии фашизма, опираясь на свое знание лейпцигской школы. В 1942 г. он назначается командиром специального эвакуационного состава, вывезшего из Ленинграда большую группу ученых. Проявленные им героизм и мужество отмечаются правительственными наградами.
Таким образом, ленинградский