По переезде в Москву Рубинштейн снова оказывается поставленным перед задачей организационно-теоретической интеграции психологии, но уже в качестве директора Института психологии АПН СССР. Одновременно он создает кафедру психологии в Московском государственном университете им. М. В. Ломоносова и приглашает А. Н. Леонтьева, А. Р. Лурию, ученицу К. Левина Б. В. Зейгарник, П. Я. Гальперина и др. Трудно переоценить роль этой кафедры в деле подготовки отечественных психологов, теперь психология могла опираться на разработанные С. Л. Рубинштейном основы психологии. Научные исследования, развернутые на кафедре, непосредственно смыкались с подготовкой новых кадров, образуя целостный цикл развития и воспроизводства психологической науки.
В 1943 г. С. Л. Рубинштейн избирается членом-корреспондентом Академии наук СССР, что означало признание роли психологии как самостоятельной науки. У него возникает замысел создания нового современного психологического института, в котором можно было бы реализовать теоретически и эмпирически новые принципы психологического познания, которые оказались несовместимы с эмпирическими челпановскими традициями. В 1945 г. ему удается сделать первый шаг к достижению этой цели – создать сектор психологии в Институте философии АН СССР. Своих учеников С. Л. Рубинштейн ориентирует на изучение истории отечественной психологии, психологического наследия И. М. Сеченова, линия которого им постепенно восстанавливается. Сам Рубинштейн, завершив в середине 1940-х гг. подготовку второго издания «Основ общей психологии», продолжает методологическое осмысление проблем мировой психологии, осуществляет анализ основных направлений американской и западно-европейской психологической мысли, определяет дальнейший курс развития отечественной психологии, ее первоочередные задачи.
В 1940-е гг. под влиянием требования войны начинается становление связи психологии и практики. Одной из важнейших практических проблем, вставших в этот период перед психологами, оказалась проблема восстановления трудо– и боеспособности после ранений. Рубинштейн уделяет огромное внимание этим работам, поддерживает развитие на их основе нейрофизиологии (исследования А. Р. Лурии), теоретически осмысляет данные, полученные в результате нарушений деятельности