В 1859 г. Мельников участвовал в издании ежедневной газеты «Русский дневник», где публикует рассказ «На станции» и отрывок незавершённой повести «Заузольцы», предваряющую роман «В лесах». Затем сотрудничает в газете П.С. Усова «Северная пчела», где в 1860 г. помещает любопытную рецензию на пьесу «Гроза» Островского. Как уникальный специалист по старообрядчеству, Мельников называет семью Кабановых с ее формалистическим подходом к духовности раскольничьей.
В эти годы Мельников продолжает изучение старообрядчества, публикуя в различных журналах статьи и исторические материалы. Интересуют его и другие оппозиционные религиозные движения. В статьях «Тайные секты» (1868) и «Белые голуби» (1869), напечатанных в «Русском вестнике», писатель исследует хлыстовство. Печатал Мельников и историко-публицистические работы, в частности, в 1863 г. опубликовал брошюру для народного чтения «О Русской Правде и польской кривде», направленную против польского восстания. Позже в историческом очерке «Княжна Тараканова и принцесса Владимирская» (1868) доказывал, что самозванство – «бесспорно польское дело». Патриотизм по эмоциональной инерции иногда приобретал у писателя националистический оттенок.
В 1866 г. Мельников-Печерский вышел в отставку, поселился в Москве, в доме Даля, и целиком ушел в литературную работу. С 1868 г. он стал постоянным сотрудником «Русского вестника», хотя к Каткову особой симпатии не испытывал. Привлекали выгодные материальные условия. Среди близких по духу литераторов, кроме Даля, были А.Ф. Писемский и А.Н. Майков. Мельников-Печерский был знаком и с Н.А. Некрасовым, но не любил его, считая двойственным и неискренним.
В 1871–1874 it. Мельников-Печерский создает первую часть своего главного произведения, романной дилогии – «В лесах». В 1875–1881 гг. пишет второй роман дилогии – «На горах». Последние главы книги он диктовал жене уже будучи тяжело больным.
В композиции романов сохранялась привычная для писателя очерково-этнографическая структура. Дилогию объединяли сюжеты, связанные не только общими героями, но и образом рассказчика. Сказовая манера в романах перекликалась с традициями Лескова. Повествование ведётся от лица Андрея Печерского, простодушного сказителя. Авторское присутствие выражается и напрямую – в постраничных комментариях и поправках.
Объектом художественного повествования в дилогии являлся семейно-бытовой уклад разных сословий и социальных групп. Сквозным мотивом становится нетронутая старина раскольничьих скитов и соседство буржуазного предпринимательства с его разлагающей властью денег. Автор изображает быт патриархального купца, промышленника западной ориентации, священнослужителя, крестьянина, артели рабочих, секты хлыстов, женского скита, мужского монастыря и других формаций российского общества. Энциклопедичность