В 1907 г. перемещается в Киевский университет, на вакантное после кончины П. В. Голубовского место на кафедре русской истории. Одновременно преподавал на женских курсах специальный курс отечественных древностей. Публикация авторизированной записи этих последних лекций представляла собой одно из первых в России учебных пособий по археологии.
Так и не защитил магистерскую диссертацию, хотя работал над ней много лет. После скандала с его учеником Е. Д. Сташевским, уличённым в краже старинных документов из московских архивов и тем не менее избранным на кафедру русской истории Киевского университета, в знак протеста против этого избрания, В. Е. Данилевич в 1915 г. переезжает в Варшаву, где опять занимает должность старшего ассистента в университете. Вместе с этим университетом попал в эвакуацию в Ростов-на-Дону. В 1917 г. поддерживает революционные события, выступая по разным южным городам с публичными лекциями в марксистском и украйнофильском духе.
С образованием во временно независимой Украине Украинского университета, перезжает в Киев и становится профессором этого университета. Затем, после установления на Украине советской власти, преподавал в различных школах Киева. Вместе с тем руководил Археологической комиссией Украинской АН.
Член Императорского Московского археологического общества. Участник ряда Археологических съездов ИМАО, где выступал с докладами по истории Руси-России («Монетные клады Киевской губернии до первой четверти XV в.», IX съезд; «По поводу одного погребения, вырезанного с землёю», XII съезд и др.). Автор книги «Русские древности» (1908; 2-е изд.: 1914), где древняя история рассматривается на археологическом материале, что было в новинку для того времени.
В мае и июне 1907 г. на средства Курской губернской учёной архивной комиссии и при участии её членов А. Н. Кобылина, Н. Н. Лоскутова, Н. И. Златоверховникова, К. Н. Родионова произвёл раскопки возле с. Липина Курского уезда – городища, селища (славяно-русских памятников IX–XIII вв.), монастырища (остатков Льпиновской пустыни XVII–XVIII вв.), кургана возле д. Лукиной. Среди подъёмного материала этой экспедиции имелись также материалы эпохи неолита и бронзы. Эти работы ввели Липинский археологический комплекс IX–XIII вв. в научноархеологический оборот. Раскопки данного памятника продолжили советские археологи Деснинской экспедиции М. В. Воеводского, а в 1990-е – 2000-е гг. охранные исследования ведутся здесь объединённой экспедицией Курского педагогического института (университета) и Курского музея археологии под руководством В.В. и О. Н. Енуковых, при участии Ю. Ю. Моргунова (Москва).
В Курскую учёную архивную комиссию В. Е. Данилевич представил также материалы для археологической карты Курского края – сведения о 20 выявленных им памятниках разных исторических эпох вокруг Курска.
В историографии В. Е. Данилевича оценивают как исследователя, не сумевшего полностью реализовать себя в области изучения отечественной истории, автора одной-единственной