Письма Д. Я. Самоквасова и к нему выявлены мной в следующих хранилищах (перечисляемых в примерном порядке размеров соответствующих документальных комплексов):
• Отделе рукописей Государственного исторического музея (ОПИ ГИМ);
• Российском государственном архиве древних актов (РГАДА), преемнике МАМЮ, затем ЦГАДА;
• Рукописном архиве Института истории материальной культуры (ИИМК) РАН;
• Российском государственном историческом архиве (РГИА) (бывшем ЦГИА);
• Архиве Российской академии наук (АРАН);
• Центральном государственном историческом архиве Москвы (ЦГИАМ; ныне ЦИАМ);
• Отделе рукописей Российской государственной библиотеки (РГБ);
• Отделе рукописей Российской национальной библиотеки (РНБ);
• Центральном государственном историческом архиве Санкт-Петербурга (ЦИАС; бывший ЛГИА);
• Государственном архиве Курской области (ГАКО).
Значительная часть помещённых ниже писем Д. Я. Самоквасова (написанных им собственноручно или же подписанных им после диктовки помощникам) носит сугубо официальный характер. Поэтому они, как правило, стандартизированные по своей структуре, клишированные стилистически – составляли элемент его канцелярского обихода как декана юридического факультета Варшавского университета, затем управляющего Московским архивом министерства юстиции; набело помещались на официальных бланках соответствующих учреждений, со сквозной годичной нумерацией каждой исходящей бумаги. Их черновики (так называемые в канцелярском делопроизводстве «отпуски») сохранились в архивированных фондах соответствующих канцелярий, а многие отосланные беловики оказались, в свою очередь, в составе архивных фондов соответствующих лиц и особенно учёных обществ, государственных организаций, куда были адресованы. Поэтому такого рода послания были легче и в большем числе находимы при архивных поисках.
Другая часть писем писалась в приватном порядке; порой такое личное послание даже дублировало официальное обращение по тому же поводу. Эти письма отложились, как правило, в личных фондах своих адресатов.
Публикуемые эпистолярные материалы сгруппированы в основном по алфавиту фамилий их авторов (или, в редких случаях, названий учреждений, инстанций, куда они отправлялись). Исключения из алфавитного принципа сделаны для писем, чьё содержание прямо связано друг с другом – такие помещены подряд по хронологическому принципу. Опять-таки в редких случаях в подборки последнего рода помещались письма третьих (не Д. Я. Самоквасова и не его адресатов)