29 июля 1938 года начались боевые действия у озера Хасан, командование войсками принял на себя Г. М. Штерн (В. К. Блюхер прибыл в Посьет и принял на себя командование войсками 2 августа 1938 года). Приняв командование, В. К. Блюхер отдал 40-й стрелковой дивизии приказ атаковать японские войска, не пересекая линию государственной границы. В результате допущенных ошибок советские войска понесли большие потери и смогли добиться успеха лишь к 10 августа. Главный военный совет (К. Е. Ворошилов, С. М. Будённый, В. М. Молотов, И. В. Сталин и другие) отметил, что у озера Хасан выявились «огромные недостатки в состоянии Дальневосточного фронта».
В 1938 году он возглавил Дальневосточный фронт, где в июне того же года разразился роковой конфликт между РККА и японской армией у озера Хасан. В этих районах не было четкой границы. 15 июля русские пограничники, ведомые фаворитом Сталина Мехлисом (основной задачей которого на Дальнем Востоке было выявление потенциальных шпионов), вступили на территорию доселе подконтрольную японцам и застрелили одного жандарма. Японское правительство потребовало расследования и отвода русских войск на прежние позиции. Маршал Василий Блюхер, который командовал армией в этом районе, провёл объективное расследование и отправил секретное донесение Сталину: «Наши пограничники нарушили маньчжурскую границу в районе сопки Заозерная на 3 метра, что повлекло за собой возникновение конфликта на озере Хасан». Это была настоящая пощечина в адрес советского руководства. Сталин категорически отказывался признавать факт нарушения границы. Советская пропаганда твердила об японской агрессии. Одним из девизов того времени был «Чужой земли ни пяди нам не надо, но и своей врагу не отдадим!». А Блюхеру пришел прямой приказ из центра: «Прекратить возню со всякими комиссиями и точно выполнять решения Советского Правительства и приказы Наркома».
Блюхера среди прочего обвинили в том, что он «не сумел или не захотел по-настоящему реализовать очищение фронта от врагов народа». Только при И. Р. Апанасенко (который был назначен командующим фронтом в начале 1941 года) была ликвидирована опасность окружения фронта: до этого единственной «артерией» снабжения была железная дорога, сообщение по которой легко было перерезать небольшой группой диверсантов. Апанасенко же рекордными темпами построил параллельную автомобильную дорогу, значительно повысив боеготовность Дальневосточного фронта. Дорога от Хабаровска до станции Куйбышевки-Восточной была готова к 1 сентября 1941 года.
В ходе последовавших за этим делом репрессий в РККА было арестовано всё окружение Блюхера на Дальнем Востоке. В начале 1938 года Блюхер поставил перед Сталиным вопрос о доверии к себе. Сталин заверил Блюхера, что полностью доверяет ему. 22 февраля 1938 года «в связи с XX-й годовщиной Рабоче-Крестьянской Красной Армии и Военно-Морского Флота, за выдающиеся