В ходе Войны за независимость Израиля (14 мая 1948—7 января 1949) майор Даян отличился 14–19 мая при обороне Дгании, где удалось остановить продвижение сирийцев. В августе он был назначен командующим Иерусалимским фронтом.
Весной 1949 года Даян участвовал во всех секретных встречах, проходивших на протяжении 4-х месяцев между представителями Израиля и короля Иордании Абдаллы. Целью этих переговоров была выработка мирного израильско-иорданского соглашения. В 1951 году короля убили у входа в мечеть Омара в Иерусалиме.
Моше Даян остался служить в армии.
В 1950–1953 годах Моше Даян командовал Южным, затем Северным военным округом Израиля, учился в высшей офицерской школе в Великобритании, возглавлял оперативный отдел Генштаба.
С 1953 по 1958 год Даян был начальником Генштаба Цахала. На этом посту он сыграл ключевую роль в планировании операции «Кадеш» (Суэцкий кризис), завершившейся блестящим успехом.
Суэцкий кризис произошел, когда Египет национализировал Суэцкий канал. Англия, Францияи Израиль стали собирать международную коалицию, чтобы разорвать арабскую петлю. Утром 29 октября израильские войска перешли границу на трех участках. Израилю было гарантировано авиационное прикрытие на случай египетских бомбардировок. В течение ста часов непрерывных боев египетская армия была разбита и окружена. Полуостров Синай и сектор Газа были оккупированы, шесть тысяч солдат взяты в плен вместе с огромным количеством вооружений и боеприпасов.
Одна израильская колонна пересекла залив Акаба и, используя фактор внезапности, окружила египетский гарнизон в Шарм аш-Шейхе. Блокада, существовавшая с 1948 года, была снята. Морской путь к израильскому порту Эйлат был открыт.
Сразу же после завершения боевых действий Даян приступил к созданию военного управления в полосе Газа. Он стремился выявить среди арабского населения силы, готовые сотрудничать с Израилем. В те дни Даян сделал несколько выводов, которые оказали решающее влияние на его политику к арабскому населению территорий. По мнению Даяна, израильским войскам нужно было как можно дольше оставаться на захваченной территории. Длительность этого периода благотворно скажется на обстановке здесь даже в случае последующего отвода израильских войск.
Когда войска стали выводить, он предложил, чтобы Израиль передал Синайский полуостров Египту, а не войскам ООН, с тем чтобы получить непосредственно от египтян гарантии свободы судоходства и спокойствия на границах.
Основное достижение мирного договора состояло в гарантии свободного прохода через Тиранский пролив и залив Акаба.
Даян подал в отставку в 1964 году и занялся работой в рыболовецкой фирме и написанием «Дневника Синайской кампании», опубликованного в 1965 году. Он проанализировал не только успехи, но и ошибки, стоившие человеческих жизней.
В 1966 году