Охота за Кадудалем, самым осторожным из заговорщиков, шла несколько месяцев. Ко времени этих событий у министерства уже была картотека с более чем тысячей досье на самых опасных роялистов. Называлась она «шуанская география».
То, что о заговоре известно полиции, было одной из страшных тайн. Но Фуше этого показалось мало, и он приказывает арестовать и допросить некоторых шуанов, участвующих в заговоре. Буве де Лозье, один из арестованных, рассказал, что Пишегрю уже во Франции и что 28 января 1804 года он и Кадудаль встречались с Моро. Генерал сочувствовал заговорщикам, но помогать им отказался. Другой арестованный шуан открыл некоторые адреса конспиративных квартир. На одной из них был задержан слуга Кадудаля. Под пыткой он выдал возможное местопребывание заговорщика. Фуше и его люди схватили и Кадудаля, и Пешигрю.
Арестованные все как один утверждали, что генерал Моро отказался от участия в заговоре. Но Бонапарт решил, что следует арестовать и его как сообщника шуанов-убийц. Газеты поливали генерала грязью.
Заговорщики предстали перед судом. Кадудаль был приговорен к смертной казни и гильотинирован. Пишегрю еще до суда удавился в тюремной камере (хотя, возможно, его задушили). Современники утверждали, что его смерть на совести Наполеона Бонапарта.
Из участников заговора, действительных или мнимых, в живых оставался только генерал Моро. Бонапарт не хотел, чтобы суд над ним выглядел как месть давнему сопернику, и не передал дело в военный трибунал. Генерала судил трибунал по делам уголовным и приговорил его к двум годам тюремного заключения, которое Наполеон заменил изгнанием. Моро уехал в США, а в 1813 году вернулся в Европу и участвовал в битве под Дрезденом 27 августа 1813 года в составе русской армии.
Раскрытие заговора, неизвестно, правда, существовавшего или мнимого, подняло Фуше в глазах Наполеона. Теперь Фуше руководил полицией и разведкой, управлял агентурой и проводил то, что сейчас называют «активными мероприятиями». Например, распространял газеты с заведомой дезинформацией.
После очередного заговора, который в 1808 году организовали Фуше с Талейраном, терпению Наполеона пришел конец. Бонапарт все-таки смещает удобного, ловкого и изобретательного Фуше с поста министра полиции. В 1810 году ему на смену придет исполнительный генерал Рене Савари, герцог Ровиго. Фуше же получает от Бонапарта записку следующего содержания: «Господин герцог Отрантский, ваши услуги больше не могут быть угодны мне. Вы должны в течение 24 часов отбыть к месту вашего нового назначения».
Но карьера Фуше на этом не завершилась. Он успел поучаствовать в восстановлении монархии и даже стал членом так называемого «министерства Талейрана – Фуше». Но многочисленные протесты заставили короля уже через пару месяцев отменить это назначение. Фуше был отстранен от должности и 19-го сентября направлен в «почетную ссылку» – посланником