Выбранный Гувером метод борьбы с организованной преступностью очевидно доказывает, что к концу пятидесятых годов XX века Гувер не осознал важности этого направления деятельности спецслужб. О несерьезном и поверхностном отношении главы ФБР к организованной преступности свидетельствует и тот факт, что, например, в нью-йоркском отделении ФБР борьбой с коммунистической угрозой занималось 400 сотрудников, в то время как с организованной преступностью боролись лишь четверо.
В 1960 году новым президентом Соединенных Штатов стал Джон Кеннеди. Исходя из предвыборных заявлений нового президента и учитывая значительное расхождение во взглядах между директором ФБР и новым президентом, многие предрекали Гуверу неминуемую отставку. Еще больше увеличилась эта уверенность после того, как Кеннеди назначил новым Генеральным Атторнеем своего брата Роберта, не скрывавшего своего более чем сдержанного отношения к Гуверу. Вопреки ожиданиям, через два дня после инаугурации Кеннеди обратился к Гуверу с просьбой продолжить исполнение обязанностей директора ФБР424. Предполагается, что подобный шаг стал вынужденной уступкой молодого президента, выигравшего выборы с минимальным перевесом в 120 тысяч голосов при 68 миллионах избирателей425.
После избрания Джона Кеннеди Президентом Соединенных Штатов было принято решение активизировать работу по противодействию организованной преступности. Новая администрация планировала развернуть для борьбы с воротилами преступного мира широкую кампанию. В сентябре 1961 года Конгресс, с учетом рекомендаций администрации президента и министерства юстиции, принял ряд законов, направленных на борьбу с организованной преступностью. В рамках министерства юстиции его новый глава Роберт Кеннеди, ввиду достаточно прохладного отношения Гувера к вопросу организованной преступности, решил возложить основные обязанности в этой сфере на созданный в Управлении криминальных расследований отдел по Организованной преступности и рэкету.
В начале шестидесятых годов по инициативе Джона Кеннеди был учрежден Комитет по подростковой преступности