В отличии от практиковавшейся ранее открытой формы противодействия Коммунистической партии, новая программа, также разрабатывавшаяся для борьбы с коммунистами, предусматривала такие формы воздействия, как распространение порочащих Коммунистическую партию и отдельных ее членов слухов, внедрение информаторов ФБР в руководящие эшелоны партии и так далее и была нацелена на разложение партии изнутри411. Программа оправдала возлагавшиеся на нее в ФБР надежды. По свидетельствам источников ФБР, за один только 1956 год Коммунистическая партия потеряла от 4 до 6 тысяч членов и за тот же период значительно возросло число информаторов ФБР в рядах партии.
Новые методы борьбы с коммунистической партией оказались весьма эффективны. Фактически, за несколько лет, поставленные в рамках реализации программы задачи по разложению американского коммунистического движения изнутри были выполнены в связи с чем ФБР еще в конце пятидесятых годов прекратило проведение различных операций против Коммунистической партии.
Однако, сворачивать многообещающую программу в ФБР не спешили. Тайные методы подрыва и разложения организации изнутри, наработанные в рамках реализации программы решено было использовать в отношении других неугодных американскому правительству политических движений. В 1961 году в рамках Cointelpro была разработана новая программа, направлена на расследование деятельности активистов Социалистической рабочей партии. Через год, в 1962 году, к ней добавилась программа по противодействию деятельности пуэрто-риканских националистов412. В 1964 году ФБР начало осуществление в рамках Cointelpro одной из самых известных программ – программы борьбы с деятельностью Ку Клукс Клана, а уже через год ФБР расследовало деятельность черных националистов413.
В 1965 году стала набирать силу оппозиция политики Джонсона в Северном Вьетнаме. Наиболее активными противниками войны были американские студенты, объединившиеся в организацию Студенты за Демократическое Общество (Students for a Democratic Society). ФБР с самого начала вело наблюдение за организацией, но когда с 1965 по 1968 год численность организации выросла с десяти до восьмидесяти тысяч человек, ФБР решило использовать против студентов отработанные методики Cointelpro414. Программа была названа “Новые левые” и осуществлялась до 1971 года. В рамках программы было проведено 291 операция главным образом по внедрению дезинформаторов с целью подорвать организацию изнутри, срывать проведение митингов и демонстраций.
Первоначально ФБР заносило всех лиц, имевших какое-либо отношение к антивоенному движения в “Индекс безопасности”, но дальше, ввиду вовлечения в движение огромной массы людей, в ФБР в 1967 году решили выделить материалы, относящиеся к “Новым левым”