Już od wieczora 28 czerwca rozwijała się coraz bardziej brutalna akcja represyjna milicji. Na ul. Kościelnej żołnierze zatrzymali młodego kombajnistę i bijąc go kolbami, zaprowadzili do komisariatu MO. We wszystkich placówkach MO znęcano się nad zatrzymanymi, domniemanymi uczestnikami wydarzeń. Brutalną przemocą dyrygowali funkcjonariusze UBP. Przy ul. Staszica milicjanci szczególnie okrutnie znęcali się nad 50-letnim kolejarzem. W komisariacie przy ul. Matejki w obszernych piwnicach szeregi ludzi przy ścianach z podniesionymi rękami, bici i znieważani. W komisariacie na Śródce milicjanci wzięli odwet na zatrzymanych, „rehabilitując się” wobec ubowców za swoją w wielu przypadkach widoczną solidarność z demonstracją.
W nocy i przez cały dzień następny sunęły systematycznie na lotnisko w Ławicy samochody ciężarowe z leżącymi na ich podłodze, strzeżonymi aresztantami. W Ławicy był tzw. punkt filtracyjny. Zanim jednak tam dojechali, byli rozpoznawani i selekcjonowani na dziedzińcu UBP. „Na samochód ciężarowy, z takimi podwyższonymi bokami […] kładziono nas na brzuchu warstwami na przemian: […] tak że każdy na górze leżał na dwóch dolnych, po połowie. Takich było 5–6 warstw” – zeznała jedna z ofiar.
Godzina 4.45. Trzej żołnierze dywizjonu artylerii przeciwlotniczej ochrony sztabu 19. dywizji pancernej, Marian Bętkowski, Dobrowolski i Aleksander Tomaszewski, którzy noc spędzili w sieni domu przy ul. Poznańskiej 58A (na rogu ul. Jeżyckiej), wyszli na ulicę. Dywizjon stał wzdłuż ul. Poznańskiej. Było już jasno. Szli w kierunku Urzędu BP, bo sądzili, że może tam dostaną coś do zjedzenia. Gdy stanęli przed głównym wejściem, od ul. Dąbrowskiego nadjechał samochód ciężarowy, wojskowy, przykryty brezentem. Po otwarciu tylnej klapy zauważyli we wnętrzu dwóch ludzi w białych kitlach. Na podłodze zaś leżało kilku nieruchomych ludzi. W tej chwili otwarto drzwi do gmachu i pospiesznie zaczęto z gmachu wynosić czyjeś zwłoki. Znoszono je po schodach i rzucano na chodnik. Były bezwładne i nie krwawiły. Do żołnierzy zwrócono się rozkazująco, aby te zwłoki wrzucali na samochód. A. Tomaszewski wspomina: „Było kilkunastu cywilów, około 15, a może więcej. Ci dwaj ludzie w samochodzie przerzucali wrzucone przez nas trupy w głąb samochodu […] jeden z martwych miał przestrzeloną głowę. Specjalnie go sobie zapamiętałem: był w sandałach, w beżowym prochowcu i w spodniach bordowych. Była to pierwsza wrzucona ofiara. Było to tak odrażające, że zupełnie nie pamiętam dalszych wrzucanych ofiar. Nie mogli to być pracownicy Urzędu Bezpieczeństwa, bo […] rzucano ich bez żadnego szacunku dla człowieka, jakby to byli wrogowie albo odrażające przedmioty”.
Wszystko odbyło się szybko – trwało kilka minut. Potem samochód odjechał ul. Poznańską w stronę Rynku Jeżyckiego.
Godzina 5.00. Na ulicach Mickiewicza, Kochanowskiego, Dąbrowskiego i przyległych – obraz spustoszenia. Czołgi, samochody pancerne, zwisające przewody trakcyjne. Wszędzie patrole wojskowe. Na jezdniach i chodnikach pełno szkła, poprzewracane tramwaje i samochody, wraki czołgów, połamane drzewa, a nawet latarnie, wyrwane futryny okienne. W Poradni Zdrowia przy ul. Mickiewicza zniszczone wnętrza. W szpitalu „frontowym”, a także w innych – nieprzerwana praca lekarzy i personelu.
Na lotnisku Ławica wylądował samolot z Warszawy. Przyleciał nim zastępca szefa Komitetu Bezpieczeństwa Publicznego Jan Ptasiński. O godzinie 5.30 samochodem wojskowym dostał się do gmachu WUBP. Zastał nastrój przygnębienia. Szef Urzędu ppłk F. Dwojak był bardzo zdenerwowany. Dookoła gmachu pełno wojska. W oknach stali funkcjonariusze „na straży”. Szyby powybijane, ślady podpaleń. Z daleka słychać pojedyncze strzały. Nagle jakiś osobnik zaczajony na dachu pobliskiego budynku strzelił w kierunku żołnierzy, a ci z miejsca otworzyli ogień z broni maszynowej. Słysząc tę kanonadę, niepanujący nad nerwami ppłk F. Dwojak natychmiast zawiadomił „centralę”, że gmach UBP znów znalazł się pod ostrzałem.
Godzina 6.00. Do Zakładu Medycyny Sądowej przy ul. Święcickiego przywieziono samochodem wojskowym zwłoki, które złożono w piwnicy o powierzchni około 5 x 25 metrów i połączonej schodami bezpośrednio z salą sekcyjną. Zwłoki ułożono prostopadle do ścian podłużnych sektora. Było ich dużo. Od tej chwili ten sektor był wydzielony i znajdował się pod bezpośrednim nadzorem lekarza rekomendowanego przez UBP, dr. Władysława Widego, oraz nieznanego z nazwiska generała. Przeprowadzano jedynie powierzchowne oględziny zwłok, bez przeprowadzania sekcji. Zwłoki te nie były rejestrowane w Zakładzie. Z oględzin tych zwłok dr Widy dyktował krótki protokół. Fakt ten potwierdzają ówcześni pracownicy Zakładu, dziś profesorowie: Edmund Chróścielewski z Poznania, Stefan Raszeja z Gdańska i Tadeusz Marcinkowski ze Szczecina. Potwierdzili to także laboranci: Michał Woroch i Andrzej Szymański, który zapamiętał, że jedna z ofiar nazywała się Stanisław Biskup. Liczbę leżących tam zwłok świadkowie oceniają różnie: od 19 do około 30.
Godzina 7.00. Jan Ptasiński spotkał się z gen. S. Popławskim i jego sztabem. Analizując dotychczasową nieskuteczność w zwalczaniu „stanowisk ogniowych” demonstrantów, generałowie i pułkownicy (Popławski, Puteczny, Lipiński, Kamiński) doszli do wniosku, że należy zaprzestać rajdów czołgów w mieście i ostrzeliwania z broni maszynowej domniemanych miejsc stanowisk ogniowych. Postanowiono utworzyć grupy mieszane KBW i MO, które na podstawie obserwacji i systematycznych obław dotrą do ukrywających się strzelców. Wykonanie tego zadania powierzono gen. Kamińskiemu.
Premier Cyrankiewicz zarządził natychmiastowe usunięcie wszystkich zwłok.
Strzelec na wieżyczce Collegium Minus wciąż czynny na posterunku. Inny strzelec na II piętrze Collegium Maius. Jeszcze inny na poddaszu domu przy ul. Zwierzynieckiej. Jego wycofywanie się po dachach w kierunku ul. Słowackiego obserwowało wielu ludzi. Tam wpadł w ręce milicji. Sporadyczny ostrzał z wielu jeszcze stanowisk ogniowych trwał przez cały dzień. Komendant miejski MO w meldunku do prokuratora wyliczył ich 27, niezależnie od tych kilku czy kilkunastu, które zlikwidowało wojsko. Można więc przyjąć, że w dniu 29 czerwca (piątek) działało jeszcze w mieście – stopniowo wygasając – 35 stanowisk ogniowych.
Godzina 8.00. Rozpoczęło się oczyszczanie ulic, szczególnie przelotowych. Po południu wznowiono ruch na niektórych tylko trasach.
W Szpitalu im. Raszei zjawił się minister zdrowia dr Jerzy Sztachelski. Chodził po szpitalu i zwrócił uwagę dyrektorowi na potrzebę pomalowania lamperii. Zupełnie nie interesowały go leżące ofiary zajść.
Godzina 8.30. Stanisław Matyja przybył do ZISPO, aby podjąć pracę. Wszędzie wojsko. Nie wpuszczają. Matyja wrócił do domu.
Niektóre zakłady Poznania podjęły pracę, inne nadal strajkowały. Do pracy przystąpiła średnio połowa pracowników. W dużych zakładach absencja sięgała 90% zatrudnionych. Nie ukazały się poznańskie dzienniki.
W Miejskim Przedsiębiorstwie Komunikacyjnym od rana masówka z udziałem wiceministra gospodarki komunalnej Stanisława Sroki. Postulaty załogi nie zostały zaakceptowane – pracownicy poszli zatem do domów.
Około godziny 9.00 Maria Podlewska, 56-letnia wdowa, na II piętrze domu przy ul. Świerczewskiego 11/8 otwierała okno, chcąc przewietrzyć mieszkanie – w tej chwili strzał patrolu milicyjno-wojskowego przeszył jej śródpiersie.
Godzina 10.30. Patrole złożone z kilku milicjantów i żołnierzy KBW urządzały