Persja ewidentnie była przeszkodą dla każdej inicjatywy Justyniana. Innym problemem dla jego planów, znacznie trudniejszym w ocenie, były skutki katastrof naturalnych i zmiany klimatu. Kroniki przedstawiają jaskrawy obraz wielokrotnych trzęsień ziemi, głodu i plag, oraz zjawisk uważanych za zwiastuny katastrof, jak zaćmienia i komety. Malalas na przykład przytacza dziesięć przykładów, kiedy Justynian wykładał pieniądze na odbudowę miast zniszczonych przez wojny lub żywioły345. Porównanie wyników badań naukowych z literackimi wskazuje, że pierwszym latom panowania Justyniana towarzyszyła skrajna zmiana klimatu346, której przyczyny do tej pory nie ustalono. W latach 536–537 wystąpiła tzw. zasłona pyłowa, co w kronikach opisano jako długotrwałe zaćmienie Słońca347. Na temat wpływu takich zjawisk można tylko spekulować, ale nietrudno sobie wyobrazić, że doprowadziły one do zachwiania tradycyjnych schematów i nasilenia poczucia niepewności, nie wspominając już o uszczupleniu zasobów przez wydatki na odbudowę.
W tych właśnie okolicznościach wybuchło w 532 roku powstanie Nika. Doszło do dramatycznej erupcji napięć pomiędzy stronnictwami cyrkowymi, Niebieskich i Zielonych: Justynian został niemalże obalony, a sporą część pałacu, jak również kościoły Hagia Sophia i św. Ireny, strawił ogień. Gniew tłumu wobec znienawidzonych dostojników złagodziło zdymisjonowanie prefekta miasta – Eudaemona, kwestora Tryboniana i prefekta pretorianów – Jana z Kapadocji. Powstanie trwało kilka dni i zakończyła je dopiero masakra 30 000 ludzi, uwięzionych na Hipodromie, którzy okrzyknęli cesarzem nieszczęsnego Hypatiusza, generała i jednego z siostrzeńców Anastazjusza. Po tym wszystkim Hypatiusz został stracony jako uzurpator.
Reakcję części chrześcijan na całą serię katastrof przekazał kontakion Romana Pieśniarza O trzęsieniach ziemi i pożarach. Roman napisał i wykonał go podczas Wielkiego Postu, gdy odbudowywano Wielki Kościół Hagia Sophia (to jest między lutym 532 a 27 grudnia 537 roku). Jest to apel o okazanie skruchy w obliczu trzech katastrof, które były trzema „ciosami” Boga w grzeszną ludzkość. Były to: trzęsienia ziemi (kilka odnotowano w Konstantynopolu i w innych miejscach w latach 526–530), susza (nawiedziła Konstantynopol we wrześniu 530 roku) oraz właśnie powstanie Nika w styczniu 532 roku348. Ciosy te były konieczne z powodu ludzkiej niefrasobliwości. Roman jasno stwierdza, iż cesarz i jego małżonka Teodora pierwsi okazali skruchę i błagali o łaskę:
Ci, którzy bali się Boga, wyciągnęli do Niego ręce,
Błagając Go o łaskę i położenie kresu katastrofom,
Razem z nimi, jak przystało, modlił się i władca,
Wznosząc wzrok do Stwórcy, a wraz z nim jego żona,
„Pomóż mi, Zbawco”, zawołał, „tak jak swojemu Dawidowi
Pomogłeś pokonać Goliata, bo ufam Tobie.
Oszczędź swój wierny lud i obdarz go łaską,
I daj mu
Życie wieczne”.
Bóg, usłyszawszy wołanie ludu i władców,
Okazał miastu miłosierdzie…349
Odbudowane miasto, a zwłaszcza Wielki Kościół, to znak zarówno troski cesarza, jak i Łaski Bożej:
W krótkim czasie wznieśli oni [władcy] całe miasto
Tak że niedola tych, którzy ucierpieli, popadła w zapomnienie.
Sama struktura kościoła
Jest tak doskonała
Że ukazuje niebo, tron Boży,
Który zaprawdę daje
Życie wieczne350.
Wiersz ten stanowi potwierdzenie obrazu powracających nieszczęść, jaki znajdujemy w kronikach. Mają go potwierdzać również świadectwa astronomiczne i archeologiczne. Poemat wskazuje też, jak religia miała zaspokajać potrzeby cierpiącego ludu – tak, by przywoływać i umocnić bizantyjską wizję kosmosu rządzonego przez Boga oraz oikumenē rządzonej przez cesarza w imieniu Boga. Analiza kontakiów Romana dowodzi też zbieżności publicznego i cesarskiego systemu religii oraz potrzebę osobistego kontaktu z Wcielonym Chrystusem, Matką Bożą i świętymi. Ujawnia ponadto znaczenie relikwii Prawdziwego Krzyża i świętych jako probierzy Łaski Bożej. To właśnie w VI wieku zaczynamy widzieć, zarówno w dziedzinie publicznej, jak i prywatnej, coraz więcej dowodów popularności modlitw do Matki Bożej, a także sztuki religijnej – ikon – pośredniczącej między królestwem niebieskim, zamieszkanym przez Boga i jego dwór aniołów i świętych, a królestwem ludzkim, desperacko potrzebującym łaski płynącej z nieba. Ikony stały się zarówno obiektami modlitw i czci, jak i fizycznym źródłem uzdrowienia i otuchy.
W latach 30. VI wieku często dochodziło do katastrof naturalnych i spowodowanych przez ludzi, natomiast w latach 40. wybuchła epidemia dżumy dymieniczej, która trwała ponad dwa stulecia. Według Prokopiusza z Cezarei dotarła ona z Egiptu, ale zdaje się, iż przybyła ze wschodu wzdłuż szlaków handlowych, może szlakiem jedwabnym. Epidemia zjawiła się w Konstantynopolu wiosną 542 roku, i jeszcze w tym samym roku dotarła do Antiochii i Syrii. Zmarły masy ludzi: obliczono, że w Konstantynopolu do 250 000 osób, czyli zapewne nieco ponad połowa mieszkańców. Przeżyli tylko nieliczni chorzy (wśród nich był – jak się zdaje – sam Justynian), a ci, którzy przegrywali z chorobą, umierali bardzo szybko, w ciągu dwóch lub trzech dni. Wygląda na to, że od tamtej pory epidemia nieco zelżała, jednak według historyka Kościoła, Ewagriusza Scholastyka, wielu ludzi zmarło w latach 553–554, 568–569 i 583–584. Historycy nie są zgodni co do wpływu, jaki epidemia wywarła na sferę gospodarczą cesarstwa wschodniego: jedni przyznają jej duży wpływ351; inni, mając na uwadze podobną rewizję oceny skutków czarnej śmierci w wieku XIV352, sądzą, że wpływ epidemii został wyolbrzymiony353.
W ostatnich miesiącach życia Justynian sam dopuścił się herezji, tak zwanej juliańskiej herezji aftartodoketyzmu354. Jest to skrajna odmiana monofizytyzmu, nazwana od imienia Juliana, biskupa Halikarnasu, który zmarł około 527 roku, a którą Justynian ogłosił dekretem. Wspominają o tym zarówno Teofanes, jak i Eustacjusz w swoim Żywocie Eutychiusza, patriarchy Konstantynopola, którego zdymisjonowano za odmowę przyjęcia nowej skłonności religijnej Justyniana; historycy na ogół przyjmują tę wersję. Fakt dopuszczenia się herezji przez Justyniana kwestionują jednak teologowie, podając dowody na to, że w dalszym ciągu był on zwolennikiem chrystologii dwóch natur, jak również że wciąż usiłował pogodzić podzielonych chrześcijan: nie tylko z julianistami, co rzeczywiście mogłoby wzbudzać podejrzenie, iż on sam do nich należał, ale także z tak zwanymi nestorianami z Persji. Kwestia ta jest złożona i – jak się zdaje – nadal nierozwiązana355.
Dziedzictwo Justyniana z punktu widzenia jego spadkobierców
Justynian zmarł bezdzietnie