Takie ujęcie problematyki religijnej intrygowało pierwszych krytyków. Zdaniem Stanisława Piaseckiego dla przyszłego pokolenia powieść może być „kaleka i obca” z powodu wyraźnej areligijności bohaterów: „Ludzie Dąbrowskiej nie modlą się, nie spowiadają się ze swych trosk Bogu, polegają w swych walkach tylko na własnych siłach. Jakby się zupełnie wyrzekli najpotężniejszej dźwigni w życiu – wiary”[185]. Natomiast w przekonaniu Skiwskiego mylili się ci, którzy odmawiali Dąbrowskiej „zmysłu religijnego”, bowiem szukać go należy nie w dyskusji Agnieszki z księdzem Komodzińskim, lecz w takich scenach, jak śmierć Bogumiła i w „religijnym przejęciu się powagą życia”[186]. Najbardziej wnikliwie odniosła się do tego zagadnienia publicystka katolicka, siostra Teresa Landy, dając w 1933 r. pierwszy wykład zagadnienia religijności w Nocach i dniach. Uważając kwestię „istoty życia i rzeczywistości ludzkiej i pozaludzkiej” za centralny problem powieści, podkreślała brak jednoznacznych deklaracji Dąbrowskiej w tej kwestii[187]. Siostra Landy zwracała się listownie do pisarki z nurtującym ją pytaniem o rozumienie przez nią pojęcia „wszechrzeczy”. W Dziennikach Dąbrowska przyznawała, iż odpowiedzi dać nie potrafi, wie jedynie, że ma „poczucie istnienia tajemnicy bytu” i pewność, że „byt materialny nie jest pełnym bytem” (Dz. 25 XII 1934). Jednocześnie prowadziła w powieści wyrazistą polemikę z religią instytucjonalną. Zakwestionowanie obrządku religijnego po raz pierwszy pojawiło się w rozmowie uczennic z księdzem Wiadrowiczem, dotyczącej obowiązkowej katechezy na pensji pani Wenordenowej. Agnieszka z najwyższą przykrością poddawała się obowiązkowi spowiedzi, ponieważ „szeptanie na ucho obcemu człowiekowi najskrytszych rzeczy o sobie” wydawało się jej czymś „upokarzającym, a nawet nieprzyzwoitym” (III, s. 444). Jednak sedno krytyki zawarte zostało w późniejszej dyskusji Agnieszki z księdzem Komodzińskim. Zarzuty stawiane przez pisarkę ludzkiej organizacji Kościoła nie wyczerpują przecież jej stosunku do katolicyzmu[188]. W dramatycznej rozmowie Agnieszki z księdzem, sprawiedliwie i rzetelnie rozdzielała Dąbrowska racje interlokutorów. Do rozmowy tej wielką wagę przykładał Tadeusz Drewnowski, uważając że „to jedyna scena prometejskiego buntu przeciw Bogu, jakby Improwizacja »Nocy i dni«, wybuch herezji”, zwłaszcza że Agnieszka wynosiła w niej masonerię ponad instytucję Kościoła[189]. Dąbrowskiej obcy był ceremoniał niedecydujący, jej zdaniem, o przeżywaniu prawdziwie religijnym. W liście do Stempowskiego pisała, iż choć nie przywiązana do żadnego Kościoła, uważa się za osobę religijną i czuje się „kłusownikiem Bożym, który czyha na Boga po cudzych lasach”[190].
Bohaterowie Nocy i dni doznają obecności Boga w dramatycznych dla nich chwilach (rozmyślania Barbary po śmierci matki, przedśmiertna modlitwa Bogumiła) czy w kontakcie z przyrodą (kontemplacyjne chwile Barbary i Agnieszki), czczą go trochę tak, jak Stach Połaniecki, tak „jak im się podoba osobiście”[191]. Zarówno w Rodzinie Połanieckich Sienkiewicza, jak i u Dąbrowskiej – stosunek bohaterów do Boga wyraża się bardziej poprzez dekalog przyjętych prawd etycznych niż praktykowanie religii. Jednak stawiane przez pisarkę pytania mają dramatyczny charakter, sięgają wymiaru kosmicznego. Ulegając fascynacji tajemnicą wszechrzeczy i Boga, w wyobrażeniach o drogach do życia spełnionego poprzez uczciwość oraz miłość, budując w Nocach i dniach etyczną wykładnię życia, pisarka poruszała się na przecięciu tego, co religijne, i tego, co świeckie, tworząc zarys swoistej religii serca, opartej na etyce uniwersalnej. Zapewne wpływ na metafizyczną wymowę Nocy i dni miała Abramowskiego (zaczerpnięta z Bergsona) teoria o panteistycznej naturze wszechrzeczy, odczuwanej, gdy przyjmujemy wobec niej postawę kontemplacyjną, umożliwiającą dotarcie do prawdy rzeczywistości odsłaniającej tajemnicę bytu. Jądrem była tu koncepcja „stanów agnostycznych”, w których człowiek jest zdolny dotykać rzeczywistości samej w sobie, zbliżać się do Boga, osiągać kontakt z makrokosmosem, stać się cząstką wszechrzeczy, doznając tożsamości z innymi ludźmi i światem przyrody. Przeżycia metafizyczne Agnieszki nazwała Dąbrowska „zespoleniem się z czymś niesłychanie potężnym, łaskawym i prawdziwym” i „obcowaniem człowieka z Bogiem”, „zanurzeniem w otchłani bytu i znalezieniem w niej Boga, rzeczywistości nadprzyrodzonej, źródła, istoty i celu wszelkiej rzeczy” (IV, s. 15). Barbara zrozumie nagle, że „jedno jest serce wszechrzeczy” (III, s. 357), które bije także w niej. Bohaterowie Nocy i dni, łącząc się z istotą bytu, osiągają chwile spokoju i szczęścia.
W trakcie pracy nad powieścią Dąbrowska opublikowała w 1932 r. w „Wiadomościach Literackich” obszerny szkic Społeczne i religijne pierwiastki u Conrada, w którym zajęła się pojęciem rzeczywistości niematerialnej („pierwiastkiem niedoczesnego porządku rzeczy”) w jego twórczości, zaznaczając, że pisarz „istnienie takiej metafizycznej rzeczywistości wielokrotnie, choć powściągliwie, zaznacza. A to zaświadczenie artysty, tak bliskie objawieniom religijnym, chociaż niemające nic wspólnego z żadną oficjalną wyznaniowością, posiada większą wagę, niż niejedno ze zwietrzałych już, urzędowych o tym samym zapewnień”[192]. Bohaterowie Dąbrowskiej, podobnie jak bohaterowie Conrada, pragną związku z duchową rzeczywistością nadającą sens, wartość i godność ich egzystencji i czują, że jakaś część tej rzeczywistości, przenikającej wszelki byt, jest też w nich samych, ujawniając się w ich czynach. Dostrzegano bliskość postawy Dąbrowskiej z tomizmem i tomistycznym plus esse”[193]. Stanisław Agatstein-Gierowski nazwał ją „idealizmem krytycznym”[194], Lipatow widział podobieństwo między postawami metafizycznymi Dąbrowskiej i Tołstoja: podobne rozumienie świata, ale też zgodne z naukami Ewangelii dostrzeganie więzów łączących człowieka, społeczeństwo i naturę[195]. Stosunek pisarki do religii bliski jest myśli intelektualnej początku XX wieku, krytycznej wobec dogmatu i otwartej na refleksję o wartościach, w której, jak pisał Jean-Marie Guyau „absolut został przesunięty z dziedziny religii w dziedzinę etyki; ale nawet tu nie stracił nic ze swej władzy nad umysłem ludzkim”[196].
Sięganie do tajemnicy życia łączy pisarka w