Вместе с тем в характеристике восстания, данной Устюговым, присутствовали и отличия от статьи Чулошникова. Одни из них имели идеологические причины и были связаны с появлением «Замечаний» Сталина, Кирова, Жданова, влияние которых проявлялось не только в обозначении в качестве противника башкир московского царизма вместо русского государства, но и в отсутствии эпитета «революционный» по отношению к башкирским восстаниям (неразборчивость в употреблении термина «революция» была одним из главных упреков историкам со стороны авторов «Замечаний»)[226]. Другие были вызваны внутренними причинами, связанными с различием в подходах Устюгова и Чулошникова к оценке исторических явлений. Для Устюгова являлась неприемлемой положительная оценка движений, усиливавших степных правителей и наносивших ущерб русскому населению. Подводя итоги восстания, Устюгов изменял трафаретную формулу советской историографии (восстание разделило общую судьбу стихийных крестьянских движений – оно было подавлено) и вместо слов о подавлении восстания писал, что «оно не дало никаких положительных результатов»[227].
В § 11 Устюгов рассматривал башкирские выступления в период между восстаниями 1662–1665 и 1676–1683 гг. Он отмечал, что наибольшую активность в это время проявлял царевич Кучук, совершавший отдельные набеги на русские поселения. Однако в это время многие башкиры стали отходить от царевича и возвращаться под власть московских государей. Выступления башкир в период разинского движения были незначительными, что Устюгов связывал с тем, что в их памяти еще было свежо подавление восстания 1662–1665 гг.[228] § 12 был посвящен непосредственным причинам восстания 1676–1683 гг. Устюгов писал, что в 1670-х гг. продолжали действовать те же причины, которые вызвали восстание 1662–1665 гг.: земельные