В 1940 г. на стеклографе были отпечатаны четвертая и пятая часть курса Устюгова, посвященные геральдике и нумизматике. Весной 1941 г. Устюгов заключил договор с издательством на публикацию своих лекций типографским способом. Готовя типографское издание своего курса, он планировал существенно переработать его разделы, посвященные хронологии, метрологии и сфрагистике. Он собирался внести в него материал по армянской и грузинской хронологии, для чего изучил ряд трудов на французском языке, так как исследования по данной тематике на русском почти отсутствовали. В разделе метрологии он хотел более ярко обозначить основные направления метрологической политики XVI–XVII вв. Кроме этого, он собирался дополнить раздел сфрагистики неопубликованными материалами о рецептах составления печатей-матриц и месячных таможенных печатях[191]. Однако работу над этим изданием прервала начавшаяся вскоре Великая Отечественная война.
Следует отметить, что первые годы работы Устюгова в Историко-архивном институте были временем проведения активной репрессивной политики Советского государства, направленной против всех потенциальных противников действующего режима. В 1939 г. был отстранен от должности и исключен из партии директор Историко-архивного института К. С. Гулевич, обвиненный в причастности к «рабочей оппозиции» в начале 1920-х гг. В 1940 г. начальник отдела кадров Главного архивного управления НКВД СССР К. И. Удалец в докладной записке о выполнении плана за первый квартал года, направленной заместителю наркома внутренних дел С. Н. Круглову, писал, что Устюгов находился в разработке 2-го отдела ГУГБ НКВД, занимавшегося выявлением контрреволюционных элементов. При этом дополнительным компрометирующим обстоятельством для него служило то, что брат его жены, Александры Николаевны Устюговой, был осужден в 1932 г. на десять лет за антисоветскую агитацию[192]. Тем не менее Устюгову удалось избежать ареста, и он смог продолжить преподавательскую и научную работу.
Семь предвоенных лет (1934–1941) стали для Устюгова временем кардинальной смены