Одновременно с участием в написании новых учебников Устюгов занимался работой по подготовке разделов двенадцатитомной «Истории СССР». Из десяти разделов, написанных для нее Устюговым, два были посвящены истории Башкирии. Для четвертого тома им был написан раздел о башкирских восстаниях XVII в., а для пятого тома – раздел об истории башкир в XVIII в. Рукописи данных работ хранятся в Архиве РАН в фонде Устюгова.
Следует отметить, что рукопись раздела, озаглавленного «Башкирские восстания XVII в.», в описи фонда ошибочно атрибутирована как раздел «Очерков истории Башкирии»[210]. Мы подробно проанализируем ее содержание, так как она послужила протографом для последующих работ Устюгова по данной тематике. Работа над ней была завершена 4 декабря 1939 г., поэтому мы будем в дальнейшем именовать этот труд рукописью 1939 г. Важно отметить, что текст «Башкирских восстаний XVII в.» представлял собой образец скрытой полемики с господствовавшими в то время взглядами на историю Башкирии, нашедшими наиболее яркое отражение в отрецензированной Устюговым статье Чулошникова. Внешне соглашаясь с тезисами Чулошникова, Устюгов добавлял к его утверждениям дополнения или примеры, опровергавшие чулошниковскую концепцию истории Башкирии. Эти черты работы Устюгова проявились в целом ряде параграфов рукописи 1939 г.
§ 1 представлял собой введение к рассматриваемой работе. В нём Устюгов подчеркивал слабую изученность проблематики башкирских восстаний и указывал, что к моменту написания его работы в науке не существовало даже общепринятой их датировки. Он приводил обзор основных мнений по данному вопросу и называл наиболее убедительными датировки профессора Казанского университета Н. А. Фирсова и А. П. Чулошникова, выделявших в XVII в. два крупных башкирских восстания, продолжавшихся с 1662 по 1665 г. и со второй половины 1670-х по 1683 г. Задачами своего исследования он считал пересмотр всех изданных источников по истории башкирских восстаний XVII в. и дополнение их некоторыми неизданными документами. На основе этих данных он стремился выяснить причины башкирских восстаний, обрисовать их фактическую сторону и объяснить причины их неуспеха[211].
§ 2 был посвящен положению Башкирии в составе Русского государства во второй половине XVI – первой половине XVII в. Ссылаясь на статью Чулошникова, Устюгов писал, что Башкирия была завоевана московским царем, а башкирские выступления второй половины XVI в. являлись борьбой против завоевателей. Но уже при объяснении причин башкирских выступлений начала XVII в. он отходил от взглядов Чулошникова. Если Чулошников объяснял восстания дальнейшим наступлением русских колонизаторов на Башкирию, то Устюгов связывал их со слабостью центральной