Устюгов вместе со Сперанским и В. И. Шунковым принял участие в просмотре наиболее обширного из намеченных фондов – фонда Приказных дел старых лет Государственного архива феодально-крепостнической эпохи (далее ГАФКЭ), содержавшего в основном делопроизводство Новгородской и Устюжской четвертей. Однако вскоре после начала работы над сборником ему пришлось столкнуться с затруднениями на основном месте работы – в библиотеке Политехнического музея. 2 февраля 1935 г. ему был объявлен строгий выговор с предупреждением за недостаточный контроль за включением книг в фонды библиотеки. Через три дня, 5 февраля, он написал заявление об увольнении по собственному желанию, а 1 апреля 1935 г. был зачислен в штат ИАИ на должность научного сотрудника первого разряда с ежемесячным окладом в 300 рублей[152]. В феврале 1936 г. на основе ИАИ АН СССР и Института истории Комакадемии был создан Институт истории АН СССР, находившийся в Москве. Московская группа ИАИ была преобразована в археографический сектор нового института, при этом оклад Устюгова был повышен до 350 рублей[153].
В новом институте поначалу доминировали историки-коммунисты, принадлежавшие к «красной профессуре». Его директором до 1937 г. являлся Н. М. Лукин, возглавлявший ранее одноименный институт в составе Комакадемии. Археографический сектор, где работал Устюгов, являлся для института, по воспоминаниям одной из его сотрудниц, Е. Н. Кушевой, «инородным телом», поскольку в его составе не было ни одного члена партии и в нём не велись исследования по новейшей истории[154]. В итоге по решению институтского начальства в состав сектора были введены четыре молодых сотрудника-коммуниста. В 1937 г. большинство «красных профессоров», работавших в Институте истории, пали жертвой репрессий, и новым директором института стал принадлежавший к историкам старой школы Б. Д. Греков. Хотя в своей научной и организаторской деятельности он уделял большое внимание вопросам археографии, в то же время он негативно относился к деятельности археографического сектора, так как его сотрудники были нужны для крупных идеологически важных работ, которые велись в институте[155].
Несмотря на сдержанное отношение институтского руководства к занятиям археографического сектора, работа над сборником продолжалась. Постепенно были уточнены его тематические и хронологические рамки. Первый том сборника должен был охватывать первую половину XVII в., при этом было решено отказаться от публикации документов по истории сельского труда. По инициативе Сперанского было принято решение публиковать документы сборника целиком, по возможности