В Троицком монастыре, Царевна Софья Алексеевна назначила дворовых воевод в походе: боярина Михаила Ивановича Лыкова, думного дворянина Алексея Ивановича Ржевского, думного генерала Агея Алексеевича Шепелева. Они собрали все войска и сделали укрепления вокруг монастыря, поставили стражу и караулы по стенам, разместили пушки по башням «…и всякий полковой стой устроили». Так же начали укрепляться к осаде в Москве. Из государственных хранилищ выдали оружие и порох. С Пушечного двора свезли пушки и поставили на нужных местах. Хоть и противника не было видно, но все стали стрелять и день и ночь, как бы стращая неприятеля и никого из Москвы не выпускали. В простом народе нарастал страх «…и от тех страхов начало было быти великая скудность убогим людем в хлебе и в дровах».
От Царей по прошению Патриарха в Москву прибыл боярин Михаил Петрович Головин с небольшим штабом, на которого пало много тяжестей «стяжав терпение и досаждение немало». 21 сентября прибыла новая грамота к Патриарху с думным дворянином Лукьяном Тимофеевичем Голосовым. В ней приказано было служилым людям идти к Царям на покаяние и снять военные посты со стен Кремля. Все боялись того что во время похода их поубивают без всякого суда как бунтовщиков. Московские сидельцы послали парламентариев по 20 человек от полка к царскому двору. Парламентариев приняла Софья Алексеевна и долго их знатных воинских людей упрекала и стыдила, те плача на коленях просили прощения. Царица приказала прекратить всякую стрельбу в Москве, разоружиться и только тогда Цари прибудут в столицу. В октябре месяце из Москвы прибыли парламентарии с челобитной. Царевна Софья приняла их слезные заверения «…восставшие обещася совершенно служити без всякого злохитрства верно вся дни живота своего». Послана была грамота в Москву «с объявлением восставшим полного прощения за смятение», которая была зачитана перед народом и всеми пехотными полками Патриархом Иоакимом. Грамота была со многими статьями, которые потом долго разбирались в полках и все согласные ставили подписи под присягой. Вот такая статья, например, в этой грамоте была «…никаких сборов не чинить и с ружьем в город и никуды не приходить и кругов по-казачью не заводить и воровских ясаков не вымышлять и каланчей не именовать и мимошедших дел не всчинать и не делать и тем не похвалятися и никому не уграживать».
Началась слякотная осень и в народе начался голод и разруха, а в Троицком монастыре всё ополчение, прибывшее по зову к Царице и Царям, было щедро награждено и велели всех поить из царских запасов. Также получили премию и земли разные государственные