Ещё при жизни Фёдора Алексеевича, восстал стрелецкий полк Семена Грибоедова. В челобитной было указано, что он забирал у стрельцов часть жалования, заставлял работать на строительстве своего дворца в том числе копать пруды и делать платины. Принудил солдат валить лес, косить сено на полях, использовал их не только в ратной службе. Очевидец тех событий писал: «своих тяжелоносия не возмогающе к тому терпети… неправедном порабощении от него и немилостивом в наказании». В начале мая стрельцы другого полка Матвея Кровкова подали челобитную Государю. Приказ был наказать виновных полковников «бить им батоги», но не всех. Хоть этот указ исполнялся принародно, но он не удовлетворил всех стрельцов, особенно подчинённых стрельцов полковника Никиты Колобова. Восстало в Москве 16 стрелецких полков по численности до 1000 в каждом. Возможно Софья и Голицын дали тайную команду полковникам, разобраться с кланом Нарышкиных, которые как бы отравили Фёдора при помощи врача еврея и так же поступят с Петром Алексеевичем. Ближайшая подруга Софьи, девица Родиница, была замечена в стрелецких кварталах, она раздавала деньги и давала различные обещания командирам.
15 мае 1682 года боярин Милославский и его племянник Толстой проскакали по стрелецким слободам и звали стрельцов в Кремль крича, что Нарышкины задушили царевича Иоанна. Стрельцы в одних красных рубахах, с саблями, пиками и палашами осадили царский дворец, крича что хотят отомстить за смерть Фёдора, маленьких Петра и Ивана.
Наталья Кирилловна показывает царей. Художник Н. Дмитриев-Оренбургский.
Пытаясь их утихомирить с крыльца царского дворца Натальей Кирилловной были показаны живые молодые цари. К бунтующим стрельцам спустился Патриарх, но всё пошло по другому сценарию «и склонивши наперед себя копии и со всяким оружием яро видно зело на крыльцо по лестнице мимо святейшего патриарха поидоша в Верх». Первым убили Артемона Сергеевича Матвеева и полковника Григория Горяшкина, затем князя и боярина Михаила Юрьевича Долгорукова, сына боярина Петра Михайловича Салтыкова Федора, приняв его за Ивана Нарышкина. Затем стрельцы зарубили Афанасия Нарышкина и полковника Андрея Дохтурова и далее всех, кто попадался под руку, крича казацкое «любо, любо» и началась неконтролируемая резня.
Книгохранитель печатного двора Сильвестер Медведев пишет: «…убивши же тако, с высокости ис палат телеса на землю бросали