Также, как и Василий Николаевич Муравьев, отец Феофан лично хорошо знал протоиерея Иоанна Кронштадтского и совершал с ним богослужения.
В 1905 году архимандрит Феофан защитил магистерскую диссертацию, после чего был возведён в звание экстраординарного профессора и утверждён в должности инспектора академии. Вскоре он впервые был принят Государем Императором Николаем II. В своем дневнике в записи от 13 (26) ноября 1905 года Царь отметил: «Принял арх. Феофана, инспектора С.-Петербургской Духовной Академии».
По имеющимся сведениям, вскоре архимандрит Феофан стал неофициальным духовником Августейшей Семьи. Суть здесь в том, что протопресвитер дворцового духовенства Иоанн Янышев, начавший свою придворную карьеру еще при Императоре Александре II, сильно состарился и не мог удовлетворить высокие духовные запросы искренне верующей и взыскательной Императрицы Александры Феодоровны.
Поэтому она, имея официального духовника, начала поиски авторитетного для нее духовного лица. Таким негласным духовником Александры Феодоровны стал архимандрит Феофан (Быстров). Он не только вел духовные беседы с Императрицей и Царскими детьми, но и нередко служил в домовой церкви Александровского дворца. Известно, что впоследствии он с умилением вспоминал, как Александра Феодоровна с дочерьми всю литургию пела на клиросе, а исповедались они всегда со слезами…
1 февраля 1909 года архимандрит Феофан был назначен ректором Санкт-Петербургской духовной академии, а через три недели – 22 февраля в Свято-Троицком соборе Александро-Невской Лавры Первенствующий член Святейшего Синода, митрополит Антоний (Вадковский), в сослужении 12 иерархов, совершил хиротонию архимандрита Феофана во епископа Ямбургского, викария Санкт-Петербургской епархии.
День был воистину символический – 2-я Неделя Великого поста – память святителя Григория Паламы, архиепископа Фессалоникийского – тайнозрителя Фаворского света, проповедника благодати и великого творца Иисусовой молитвы – покровителя ученого монашества, который, по слову тропаря, почитается как «богословов поборниче непреборимый».
После хиротонии новопосвященный епископ Феофан получил из Кабинета Его Величества подарок от Государя Императора Николая II Александровича, Государыни. Императрицы Александры Феодоровны и всей Августейшей Семьи – панагию, точно такую же, какую носил и Пре освященный Феофан Затворник Вышенский, – с изображением Нерукотворенного Образа Христа Спасителя.
Епископ Ямбургский Феофан (Быстров)
20 августа 1909 года Император заложил первый закладной камень в основание Феодоровского Государева собора в Царском Селе, который должен был стать символом возрождения Святой Руси.
Согласно Высочайшему повелению, молебен при закладке храма совершал Преосвященный