Только 20 сентября флот продолжил плавание, однако время было упущено. Начался сезон ураганов. Через восемь дней после отбытия из порта начался невероятной силы шторм. Он застал испанскую армаду во Флоридском проливе, в самом опасном месте на всём маршруте плавания. 9 кораблей не выдержали натиска стихии и были выброшены на рифы. Только два галеона продолжили плавание, однако ураган не пощадил и их.
1 октября ветер изменил направление на южное. Как ни старались испанские моряки держать прежний курс, им пришлось подчиниться воле стихии и следовать в Пуэрто-Рико. Потеряв почти все мачты и паруса, «Консепсьон» стал беспомощной игрушкой в руках стихии. 31 октября 1641 года он на полном ходу налетел на рифы к северу от Гаити, примерно на 23°40' с.ш. (ныне Серебряная банка).
Агония судна продолжалась несколько дней. К тому времени никто точно не знал, где именно они находятся. Одни полагали, что у берегов Кубы, другие – что недалеко от Испаньолы. Несколько дней волны разбивали корпус галеона. 33 моряка, спустив единственную шлюпку, смогли достичь берега Гаити. Ещё приблизительно 240 человек соорудили из обломков плот и достигли на нём острова. На борту полуразбитого галеона осталось около 30 человек. Их положение было наиболее бедственным. Риф при отливах обнажался настолько, что вода доходила лишь до пояса, и можно было ходить по дну, но акулы не позволяли испанцам подобных вольностей. Всю провизию и кое-какие ценности испанцы разметили на той части «Консепсьон», которая оставалась выше воды. Однако вскоре стало ясно, что спасения ждать не приходится. Соорудив некое подобие лодки, оставшиеся испанцы направились к ближайшему берегу. Но в пути их ждало новое крушение к северу от Испаньолы. Только один человек смог достичь обитаемых земель, остальные погибли. Сам остов галеона был окончательно разбит волнами и вскоре погрузился в воду.
Судьба второго галеона, избежавшего гибели на флоридских отмелях, также сложилась трагически. «Сантисима Сакраменто» пересёк океан, однако недалеко от Кадиса он затонул на большой глубине, попав в шторм.
Испанские власти снарядили несколько экспедиций по спасению ценностей с «Консепсьон», однако они потерпели неудачу.
Найти затонувшие сокровища было суждено Уильяму Фипсу, личности весьма неординарной для своего времени. Он родился в 1650 году в семье бедного кузнеца. Подростком он выбрал морскую профессию и стал судовым плотником на верфи в Бостоне. Соорудив небольшое судно, названное «Звездой Бостона», он стал совершать плавания вдоль побережья и к островам Карибского моря. Во время одного из таких рейсов на Испаньолу ему посчастливилось встретить старого моряка Оттавио, который являлся бывшим рулевым с «Нуэстры Сеньоры да ла Консепсьон». Именно этот старик и поведал англичанину тайну точного местонахождения галеона, набитого сокровищами.
Узнав об огромных ценностях, которые лежат на относительно небольшой глубине,