Флот из 28 кораблей, большинство из которых были небольшие торговые суда, разбросало на довольно большом пространстве. Вскоре ураган обрушился на них со всей своей яростью. Огромные волны, ломая мачты испанских кораблей, лишали их способности маневрировать на мелководье. Ветер, изменивший свое направление на южный, гнал галеоны на встречу отмелям в районе Драй-Тортугас, у побережья Флориды.
В этот момент большинство из тех, кто осознавал, что именно их ждёт, молились лишь о том, чтобы галеоны не вынесло на рифы – это означало бы немедленную гибель. Люди, обреченные на смерть, вели себя по-разному. Одни молились о спасении души, окружив кольцом священников, другие о спасении сокровищ. Капитан «Санта Маргариты» Гутьерре де Эспиноза приказал адъютанту положить в его личный сундук несколько золотых и серебряных слитков, столовое серебро и котелок с шоколадом. Затем сундук крепко перевязали так, чтобы он мог держаться на воде.
С наступлением темноты «Санта Маргарита» лишилась фок-мачты, которая рухнула за борт, порвав при этом такелаж и повредив корпус. Следом рухнула и грот-мачта, сделав судно совершенно беспомощным. Как и другие корабли флота, её быстро сносило на север.
На рассвете 6 сентября лот, брошенный за борт, показал уменьшение глубины – это было верным признаком приближающихся флоридских отмелей, а значит, смертельной опасности. Матросы попытались поставить на обломки мачт оставшиеся паруса, но это оказалось абсолютно невозможно, шквальный ветер срывал их. Попытка отдать якорь также не удалась – он не мог зацепиться за песчаное дно, и галеон продолжало нести на мели. Внезапно «Санта Маргарита» ударилась о рифы и остановилась.
Когда немного рассвело, командир находившихся на судне солдат Бернардино де Луго заметил в одной лиге[2] от своего судна другой галеон. Это был галеон «Нуэстра сеньора де Аточа», на котором из мачт осталась только бизань. Пока де Луго следил за ним, он медленно затонул. Затем стала погружаться и «Санта Маргарита».
Днём, когда волнение на море немного улеглось, перед спасёнными предстала картина крушения. На волнах раскачивались многочисленные обломки кораблей, мешанина из снастей и такелажа, сундуков и ящиков. Шестьдесят семь (по другим данным шестьдесят восемь) человек нашли спасение на обломках «Санта Маргариты» и были подобраны небольшим судном с Ямайки. Уцелевшие люди были подняты на борт, где встретили пятерых спасённых с «Аточи»: двух юнг – Хуана Муньоса и Франсиско Нуньеса, матроса Андреса Лоренцо и двух рабов. Помощника капитана Джузеппе Херонимо нашли в океане на пятый день после крушения, дрейфовавшим на крышке палубного люка. Остальные сто двадцать человек погибли.
Несколькими днями позже капитан маленького судна «Санта Каталина», Бартоломео Лопес, видел место крушения – корпус «Аточи», с обломком бизани, выступавшим из воды. Его