В момент пика работ на затонувшем судне работали 52 ныряльщика, причём только один из них погиб, укушенный морской змеёй. В дальнейшем удалось поднять с галеона ещё 2 миллиона песо, при этом значительная часть ценностей так и осталась на судне. Когда размеры поднятых со дна сокровищ превысили размеры официально зарегистрированного груза, разразился скандал. В результате проведённого расследования, были выявлены грубейшие нарушения со стороны испанских чиновников. Оказалось, что на судно загрузили гораздо больше ценностей, чем это было объявлено в судовом манифесте, около 10 миллионов песо вместо трёх. Таких огромных размеров контрабанда ценностей ещё не знала за всю историю испанской торговли.
Суд, проведённый по результатам подъёмных работ, отправил в тюрьму несколько высокопоставленных должностных лиц ответственных за отправку золота и серебра из колоний. Согласно отчёту прокурора Эквадора за 1656 год, «Капитана» затонула окончательно «в четырёх с половиной морских саженях от маленькой бухты в форме лошадиной подковы», неподалёку от мыса Санта Елена.
Однако история поднятых ценностей на этом не закончилась. Судьба сыграла злую шутку с сокровищами «Капитаны». Спасённые ценности были перевезены на Кубу, где были загружены на борт другого галеона – «Нуэстра Сеньора де ла Маравильяс», который затонул 4 января 1656 года и также стал объектом спасательной операции.
Спасательное судно, посланное к «Нуэстра Сеньора де ла Маравильяс», чтобы перевезти сокровища обратно на Кубу, также затонуло.
Оставшиеся на борту «Иисус Мария де ла Лимпия Консепсьон» ценности стали настоящей Меккой для подводных кладоискателей в наши дни. Попытки обнаружить место крушения безуспешно предпринимались в 1972—1973 и 1986—1992 годах, но только в 1996 году Герман Моро и его команда смогли локализовать местонахождение «Ла Капитаны». Со дна были извлечены различные артефакты, относящиеся к периоду 1648—1654 годов, включая редчайшую золотую монету, отчеканенную в 1652 году в Севилье, единственную в своём роде, а потому бесценную.
В настоящее время на судне периодически проводятся подводные изыскания.
«Маравильяс»
Ночью 4 января 1656 года 22 испанских корабля проходили опасные мели Флоридского пролива. Все эти корабли входили в состав Флота Материка под командованием маркиза Монтеалегре. Внезапно, тишину моря нарушил пушечный выстрел – это был условный сигнал об опасности. Альмиранта флота «Нуэстра Сеньора де лас Маравильяс», замыкавшая строй флота, оказалась на рифах.
Выяснилось, что в темноте кормчий не заметил опасных мелей и рифов и вывел прекрасный галеон прямо навстречу опасности. Получив сильнейший удар в днище, судно раскололось. Две половины начали медленно тонуть, дрейфуя по воле течения и рассыпая по дну свой драгоценный груз золота и серебра, пока обе не скрылись под водой.
Вскоре испанцы организовали спасательную экспедицию на место