16 июля 1881 г. П.А. Столыпин написал прошение на имя ректора Императорского Санкт-Петербургского университета с просьбой о зачислении его на первый курс естественного отделения физико-математического факультета. 31 августа 1881 г. он был зачислен. Помимо физики и математики на факультете преподавали химию, геологию, ботанику, зоологию и агрономию. Именно эти науки привлекали его особое внимание. К тому же на естественном отделении большое внимание уделялось не теории, а практическому применению науки. Писатель В.В. Вересаев, который поступил в Санкт-Петербургский университет несколько позже П.А. Столыпина (в 1888 г.), так описывал первые впечатления от студенческой жизни: «Университет. Бесконечно длинное, с полверсты, узкое здание. Концом своим упирается в набережную Невы, а широким трехэтажным фасадом выходит на Университетскую линию. Внутри такой же бесконечный, во всю длину здания, коридор, с рядом бесконечных окон. По коридору движется шумная, разнообразно одетая студенческая толпа (формы тогда еще не было). И сквозь толпу пробираются на свои лекции профессора – знаменитый Менделеев с чудовищно огромной головой и золотистыми, как у льва, волосами до плеч».
C семи лет П.А. Столыпин тяжело болел. У него было редкое недомогание – тиф костного мозга, из-за которого он всю жизнь не владел кистью правой руки. П.А. Столыпин очень много в своей жизни писал и при этом испытывал физические страдания, всякий раз поддерживая правую руку левой. В течение 10 лет он каждый год переносил операции. У него было лишь два-три месяца на учебу в году, и тем не менее он неизменно наверстывал упущенное. Санкт-Петербургский университет не предлагал узкой специализации, поэтому, обучаясь в нем, П.А. Столыпин начал готовиться к будущей жизни помещика и изучал те предметы, которые могли ему в этом деле пригодиться: почвоведение, физиологию животных, медицину. Особенно его увлекала химия. На характер данного поколения студентов оказала влияние реформа системы российского образования 1870-х гг. Студенты, поступившие в университеты в начале 1880-х гг., закончили классическую гимназию А.Д. Толстого. Они уже не слишком увлекались революционными идеями. Наоборот, тогда в моде были славянофильские и патриотические течения. Требования, которые предъявлялись к выпускникам гимназии, и требования, предъявляемые к студентам профессорами университетов, отличались друг от друга. Профессорско-преподавательский состав хотел видеть в студентах думающих людей, способных к самостоятельному анализу научных данных. Но вчерашние гимназисты первые несколько лет были не готовы