Устав 1863 г. требовал от студентов жесткой учебной дисциплины, они должны были проходить курс по строгому учебному плану и сдавать экзамены в соответствии с этим планом. Плата за обучение оставалась прежней – 50 руб. в год, но университет имел возможность давать отсрочки и освобождать полностью или частично от уплаты за слушание лекций. Так, в 1868 г. 354 студента (более 30 %) были полностью освобождены от платы. В 1870-е гг. уже около 70 % студентов пользовалось различными льготами по плате за обучение. Многим студентам приходилось зарабатывать себе на хлеб, и они не могли регулярно посещать лекции. Зная это, университетское начальство сквозь пальцы смотрело на «незаконные» пропуски занятий студентами. Для облегчения материального положения студенчества все более развивалась система государственных, общественных и частных стипендий. В течение 1863–1869 гг. было учреждено 100 «императорских» стипендий, 12 стипендий Санкт-Петербургской городской Думы, 5 стипендий Кавказского Комитета и множество частных стипендий. Одним из наиболее крупных пожертвований стала сумма в 200 000 руб., переданная университету в 1880 г. известным меценатом, строителем железных дорог С.С. Поляковым для строительства общежития для студентов. Оно было открыто в 1882 г. под именем коллегии императора Александра II. Количество учащихся в университете неуклонно возрастало: если в 1869 г. было 944 студента и 126 вольнослушателей, то к 1 января 1884 г. число студентов доходило до 2246 человек130.
Университетский устав 1884 г. открыл эпоху контрреформ 80-х гг. XIX в., проводимых правительством Александра III. Уже современниками этот устав рассматривался как «выражение недоверия к добросовестности и благонадежности профессорских коллегий». Автономия университета фактически была ликвидирована. Университетский и факультетские советы в вопросах управления оказались настолько скованы, что не могли своей властью перенести лекции с одного часа на другой. Вся жизнь университета была подчинена мелочной опеке министра и попечителя учебного округа. Попечитель получал право созывать совет, правление и присутствовать на их заседаниях, назначать деканов, контролировать преподавание приват-доцентов. Замещение вакантных кафедр происходило или по утверждению министром избранника университета, или по его собственному усмотрению. По уставу ректор не избирался, а назначался министром, что иногда приводило к определенному антагонизму между советом университета и ректором, как и было в случае с первым «ректором по назначению» – М.И. Владиславлевым. Соединение, разделение и открытие новых кафедр, ранее решавшиеся факультетом с утверждения совета, теперь также утверждались министром. В ведении факультетского собрания оставались текущие учебные и научные дела: издание сочинений, выдача студентам