декабря 2004 года в Бразилии началось расследование по поводу сделки группы Media Sports Investment (MSI) и президента «Коринтианса» Алберто Дуалиба, к которой будто бы оказались причастны структуры Березовского. Согласно докладу Группы специального назначения по борьбе с организованной преступностью (GAECO) Прокуратуры штата Сан-Паулу, опубликованному в 2005 году, деньги в группу поступали в первую очередь со стороны Бориса Березовского, который на тот момент находился в Лондоне, и Бадри Патаркацишвили. В мае 2006 года Борис Березовский был задержан в аэропорту бразильского города Сан-Паулу и в течение нескольких часов давал показания в связи с возможной причастностью к финансовым махинациям в Бразилии. В июле 2007 года Федеральный суд Бразилии принял постановление о выдаче ордера на арест Бориса Березовского, директоров компании Media Sports Investments (MSI) Киа Джурабчиана и Нояна Бедру, а также нескольких руководителей футбольного клуба «Коринтианс» по обвинению в отмывании денег главным образом через трансферы игроков. Березовский, как и другие обвиняемые, все обвинения отверг. По мнению генеральной прокуратуры Бразилии, сделки происходили «с использованием многочисленных офшорных счетов, что свидетельствует о существовании хорошо известного намерения – дистанцировать инвестора и реальное происхождение ресурсов от конечной цели, в данном случае покупки и продажи игроков». На пресс-конференции в Лондоне в июле 2007 года Березовский заявил, что все выдвинутые против него в Бразилии обвинения – полный абсурд, поскольку он не владеет и не вкладывал деньги в футбольный клуб «Коринтианс», через который якобы шло отмывание средств, полученных преступным путем. Это обвинение, по мнению бизнесмена, было сделано под диктовку Москвы, которая исчерпала возможности добиться его экстрадиции из Британии. Он заявил, что готов предстать перед судом в «третьей стране», например в Германии, Дании или Норвегии, если то же самое сделает Андрей Луговой, обвиняемый Великобританией в убийстве бывшего агента ФСБ Александра Литвиненко: «Может быть, выдача и противоречит российской Конституции, но лично Луговой, если он хочет разрешить ситуацию, может поехать куда угодно, если он считает, что не виновен». Березовский же, по его собственным словам, «согласился, чтобы мне огласили любые обвинения, которые Россия выдвинула против меня, включая дела “Аэрофлота”, “ЛогоВАЗа”, участие в заговоре по свержению власти в России, любые обвинения».
Осенью 2005 года Березовский заявил, что в ходе президентской кампании на Украине в 2004-м он поддерживал контакты с Виктором Ющенко и его ближайшими сподвижниками, а также переводил финансовые средства на Украину для финансирования Оранжевой революции. Он представил документы, подтверждающие перевод примерно 30 млн долларов «на развитие демократии». Расследованием его заявлений занималась временная следственная комиссия Верховной рады Украины. Деньги поступали как через «Фонд гражданских свобод» под управлением Гольдфарба, так и напрямую структурам Ющенко. По сведениям друзей Березовского, он не только
