Война со шведами, благодаря осторожности и дипломатическим уверткам Годунова, не имеющего больших талантов полководца, не обернулась большим кровопролитием для русских войск, она имела вялотекущий характер и завершилась к осени 1594 года заключенным перемирием в деревне Тявзино рядом с Ивангородом. Годунов сложными дипломатическими маневрами и компромиссами вернул России потерянные Грозным в ходе предыдущей Ливонской войны русские города – Ям, Ивангород, Копорье и прилегающие земли. Кроме того, Орешек (Нотебург) и Ладога также отошли к Москве, но русским пришлось уступить шведам права на Эстляндское княжество (Эстонию).
К дипломатическим успехам Годунова можно было отнести и то, что в ходе почти четырехлетней войны со Швецией потери русских войск были предельно минимальны, насколько это может быть при замороженном и размораживающемся время от времени «Северном конфликте», получившем название у финских и шведских хронографов «Долгого враждования». При этом Годунову удалось нейтрализовать короля Польши Сигизмунда Третьего, не выступившего на стороне своего отца, короля Швеции, против Русского государства.
В самом начале русско-шведской войны в 1589 году, к радости супругов Бориса и Марии, родился их долгожданный наследник Федор Борисович Годунов. В середине русско-шведской войны, в 1592 году, у царя Федора Ивановича и царицы Ирины Федоровны, к всеобщему ликованию народа и боярской Думы, родилась царевна, получившая удивительное имя Феодосия, или «Богом данная». После рождения долгожданного ребенка в честь «разрешения неплодства царицы» (после 17 лет брака) царь Федор раздал щедрые подарки не только по русским монастырям и церквям, но и в обители православных Палестины, Константинополя, Афона. То были счастливые времена для царя и его шурина-конюшего. Но, к сожалению, царевна, «Данная Богом», с покровительством святого Чудотворца Николая (поскольку родилась через 20 дней после празднования перенесения святых мощей святителя из Мир Ликийских в Бари) скончалась в феврале 1594 года. Ко времени кончины царевны не было в столице враждебных сил, способных бросить царице обвинение в бесплодии и требование развода царской четы.
Царский шурин к началу 1595 года, казалось бы, одержал безоговорочную и бесповоротную победу на всех фронтах – внутригосударственном,