Патриарх без раздумья принял довод Годунова, что султан все равно уже разорил Константинопольское патриаршество, а до Московского патриаршества тому не добраться, как не добраться до него всем врагам христианской веры в ее православной традиции. Удалось опытному дипломату Годунову убедить патриарха, что невозможно ни в коем случае удалять митрополита Иова, мужа святого и богоугодного, из Москвы. «Как же быть с митрополитом Иовом? Как быть с митрополичьим престолом в столице Русского царства, в Москве Первопрестольной?» – спросил с большим достоинством Годунов, глядя прямо в глаза патриарха. Тот не заставил долго ждать, сказал со странным чувством облегчения, словно сваливая с души тяжелую ношу своей личной ответственности за судьбы русского православного государства: «Да исполнится воля Божья и царская! Уполномоченный нашей церковью, благословлю и поставлю на московский патриарший престол того, кого изберет царь Федор, вдохновленный Богом».
Самым важным для всех греков, прибывших в свите патриарха Иеремии, было то, что переход в Москву патриаршего престола был выгоден и Константинополю, и Москве. Но одновременно удивительным были для греков мотивы Годунова и поведение царя Федора, объявляющих о необходимости учреждения патриаршества в Русском государстве, но только так, чтобы Константинопольский патриарх Иеремия не стал патриархом Московским. Ведь своим согласием на «тайной» беседе с Годуновым занять Московский патриарший престол патриарх Иеремия подтвердил тот непреложный факт, что Русское царство, великая Россия достойна иметь и престол, и патриарха. Идея «русского патриарха» была усилиями Годунова и его советников-сподвижников близка к осуществлению уже в январе 1589 года. Добившись своего, Годунов именем царя пожелал, чтобы избрание патриарха было организовано без лишней суеты и спешки, свойственной многим, самым благопристойным образом.
И уже 17 января состоялось заседание царя Блаженного с освященным Собором, на котором высшее духовенство во главе с митрополитом Иовом одобрило «замысел царя» и «положилось