Много с тех пор было сношений русских митрополитов и государей с патриархами по дипломатическим каналам, идея «русского патриарха» то разгоралась, то затухала, в зависимости от состояния дел в царстве Московском и крепости престола государя…
А с каких-то пор, сразу после венчания его зятя Федора на царство, Годунова стала будоражить и радовать сама мысль, что судьба идеи «русского патриарха» находится не в слабых дрожащих руках слабовольного царя Блаженного или бездарного митрополита Дионисия, а именно в его наполненной живительной силой руках, в его взволнованном идеей сердце. Годунов стал жить этой великой абстрактной идеей, претворением ее в жизнь по мере укрепления своих собственных позиций властителя при недееспособном государе и митрополите, мечущемся между боярских партий в желании услужить «сильным и богатым».
В 1586 году антиохийский патриарх Иоаким оказался на западных границах Русского царства в Смоленске и обратился к царю Федору с просьбой о посещении Москвы и «устроения церковного братства», как он это сделал недавно в Литве. «Милостыню будет просить, – сказал тогда Годунов Федору, – а мы попробуем прояснить вопрос о патриаршестве в столице». – «Патриарх Иоаким или патриарх Дионисий?» – спросил с блаженной улыбкой на устах Федор. «Пока ни тот, ни другой, – усмехнулся Годунов. Если уж ставить патриарха на московский престол, то только Константинопольского…» – «Почему только его?» – удивился Федор. «А потому, что при Иоакиме московский патриарх будет подчиняться Константинопольскому, – отрезал Федор, – а наш патриарх должен быть первым в православном мире». – «А-а-а, – протянул, покачивая недоуменно головой, Федор. – А я и не догадался об этом».
Согласно летописному сказанию, Федор Иванович рассказал на заседании боярской Думы о пришедшей ему идее «русского патриарха», уже обсужденной с царицей, нарочито не упоминая имя митрополита Дионисия. В Думе оценили деликатность замысла царя и царицы, склонных следовать четким указаниям брата и шурина-конюшего. О его невысоких умственных способностях бояре отзывались так: «Улыбается, как умник».
Владыка Иоаким со свитой был приглашен в Москву и размещен в огромных хоромах боярина Ф. Ф. Шереметева, обеспечен всем необходимым. Волей конюшего митрополит Дионисий не принимал практически никакого участия в переговорах о судьбе московского патриаршества, что вызвало раздражение митрополита, который занял по отношению к Иоакиму жестко-конфликтную позицию. Все события того времени прошли мимо Дионисия, и все это не в пользу митрополита, который отнюдь не проявлял желания получить благословение на патриарший престол от заезжего грека, с которым вел свои тайные переговоры лично Борис Федорович Годунов. Не тогда ли владыка Иоаким и через него все вселенские патриархи узнали о существовании сподвижника