Создание первого высшего учебного заведения в России было делом образованнейших людей того времени, а в особенности князя Василия Васильевича Голицына, покровительствовавшего украинским ученым Епифанию Славинецкому, Симеону Полоцкому и его ученику Сильвестру Медведеву. Был составлен проект академии, в котором объявлялось: «Сему нашему от нас, Великого государя, устроенному училищу быти общему, и всякого чина, сана и возраста людем, точию православныя Християнския восточныя веры приходящим ради научения, без всякого зазора свободному…»
Вокруг создания академии развернулась нешуточная борьба, которая была частью более общих тенденций в русском обществе конца XVII в., борьба мракобесов, боящихся всего нового, а особенно всего, что шло с Запада, и приверженцев выхода России из самоизоляции, косности, загнивания, подобного восточным деспотиям, угрозы потери независимости, отставания от значительно более передовой технической культуры, борьба, которая в разных формах идет и в настоящее время… Приверженцем старого и отжившего была воинствующая православная церковь в лице патриархов и высших иерархов с животным страхом «латинства» и боязнью иностранцев, прикосновение к которым считалось невозможным. Даже православные украинцы и греки были несколько ущербными, они считались не совсем чистыми, не истинными христианами.
Само знание латинского, тогда международного, языка общения образованных людей, воспринималось как признак измены истинной религии: призывали хранить «стадо Христово от латинского писма и книг, яко все в них есть учение антихристово», то есть лучше быть невеждой, чем просвещенным и образованным, ибо это было невозможно без овладения западной наукой. Симеон Полоцкий и Сильвестр Медведев убеждали правящую элиту способствовать насаждению «свободных наук», рассматриваемую как часть продуманной государственной программы преодоления отставания России, они заботились о престиже государства, призывая «отъять понос… что Россия не весть наук знати».
В Москву в 1685 г. прибыли греческие ученые братья Иоанникий и Софроний Лихуды, и тогда с новой силой разгорелась борьба между двумя ветвями православия, «латинствующей» и «греческой», по поводу формальных и незначительных различий процесса богослужения, которые возводились в необоримый принцип. Внешнее отражение этой борьбы двух направлений проявилось в споре о времени пресуществления святых даров, то есть о времени преобразования обычных