Во дворе можно видеть строения, вытянувшиеся параллельно Китайгородской стене, в которых находились классы и залы Славяно-греко-латинской академии и помещались ее учителя и ученики. Прямо против ворот – самое старое из них, так называемый Братский (учителя были и монахами, «братьями» Заиконоспасского монастыря) или Учительский корпус, состоящий из двух разновременных частей. Двухэтажная часть датируется 20-ми гг. XVIII в. (архитектор И.П. Зарудный), а трехэтажная, в свою очередь, составлена из двух частей: два нижних этажа построены в последней трети XVII в. (возможно, в 1686 г.), а третий этаж и общее оформление фасада в 1886 г. (архитектор В.Д. Шер). В Братском корпусе жили наставники академии, бывшие в то же время и монахами Заиконоспасского монастыря; его второй этаж занимался квартирами настоятеля, префекта академии и преподавателей, а на первом помещались студенты. Это здание вполне достойно мемориальной доски – в нем жили знаменитые просветители XVII в. Симеон Полоцкий и Сильвестр Медведев.
Здание академии, или Коллегиум, находится с левой стороны. Оно было выстроено специально для помещения учебного заведения, место для которого выбиралось самим патриархом Иоакимом: он 3 июня 1685 г. «ходил в Спасов монастырь для досмотру мест, где строить каменные палаты для учения учеников книжного писания», а через два года, 12 октября, тот же патриарх уже «ходил в новопостроенные каменные школы, что построены в Китае подле Спасского монастыря», и по дороге подал милостыню «Земского приказу колодникам, что сидят под палатою». Здание строилось на 2 тысячи рублей, крупную сумму, завещанную иеродьяконом Мелетием, но этой суммы было мало, и князь Василий Голицын, один из самых образованных русских вельмож, способствовал возведению и казенными средствами, и своими собственными. По словам автора истории академии С.К. Смирнова, здание ее «было каменное, трехэтажное, длиною 15, шириною 5 сажен и 2 аршина, вышиною более 6 сажен (1 сажень равна 2,13 м, 1 аршин 0,71 м); передним фасом оно обращено было к городовой стене, а на стороне, обращенной к монастырю, опоясано было хорами; смежный корпус, расположенный к востоку в связи с зданием Академии, назначался для помещения ректора и учителей. Последний корпус был о двух этажах и шел до самого Никольского греческого монастыря. В месте соединения двух корпусов, в углу, образовавшемся от выступа здания Академического, выстроена была башня, называвшаяся после звонковою: в ней устроены были лестницы, ведшие на хоры среднего и верхнего этажей; с хор двери вели в классы. Хоры были деревянные, шириною в 5 аршин, и утверждались на каменных столбах». Публичные диспуты происходили на втором этаже в обширной зале с кафедрой и портретом царя Федора Алексеевича. Коллегиум пострадал от пожара 1812 г., был разобран и построен вновь в 1821 г.
В западной торцевой части двора, там, где теперь проложен проход с Никольской на площадь Революции, находился монастырский сад, где в «комедийном амбаре», то есть школьном театре, ставились