В 1629 году условия, сложившиеся в Италии, оставили только мальтийцев свободными действовать против турок, но даже их вначале призвали отправить свои галеры в Барселону, чтобы присоединиться к флоту, предназначенному для сопровождения новой королевы Венгрии к супругу. Плавание перенесли с мая на август, а потом на следующий год, что удержало галеры от полезной деятельности в этом году, если не считать таковой ничем не примечательный рейс к африканскому побережью осенью. Парусники взяли призы, но зато корабль великого магистра потерпел крушение недалеко от Александрии.
В следующем году была сделана попытка отрезать две турецкие галеры от порта Хиос. Две галеры и четыре небольших корабля для этой цели вышли в море с Мальты в середине марта, но турки были вовремя предупреждены, и мальтийцам пришлось уйти, когда они столкнулись с четырьмя галерами с
Родоса. Однако они сумели захватить большое торговое судно у Салоник. Тем временем Феретти, очередной новый мальтийский генерал, побывал в африканских водах, где не добился успеха. Парусные корабли оказались удачливее. Три из них потопили турецкий корабль с 50 орудиями и захватили корабль с 30 орудиями, после чего отбили атаку 14 галер, и при этом обошлось без потерь.
Наконец, новая королева Венгрии прибыла в Неаполь в сопровождении испанских, тосканских и папских галер. Поскольку север Италии поразили одновременно война и чума, было предложено, чтобы она проследовала морем до Триеста, но венецианцы возразили. Они настаивали, чтобы испанский флот не входил в Адриатическое море, но соглашались организовать доставку королевы из Анконы в Триест на своих галерах. Когда решение было принято, мальтийские галеры, которые были посланы, чтобы стать частью ее эскорта из Неаполя и далее, отозвали и отправили в Архипелаг. Там они встретили девять турецких галер с Родоса, но те уклонились от боя. Мальтийцы вернулись из плавания в конце года с пустыми руками. Королева переправилась по суше в Анкону и в январе поднялась на корабль. Флот под командованием Антонио Пизани, собравшийся, чтобы ее сопровождать, состоял из 40 галер, 3 галеасов и 12 галеонов.
Летом 1629 года прошел слух, что турецкий флот из 60 галер готовится к нападению на Мальту. Тревога стала еще острее в 1631 году, когда появились сведения, что 72 галеры действительно собрались в Модоне для операций на западе. Однако после тщательного выяснения обстоятельств опасность оказалась воображаемой. В море было только 48 турецких галер, и все они находились где-то в окрестностях Кипра. Поэтому великий магистр не стал направлять свои галеры на соединение с другими эскадрами, а вместо этого направил их вдоль африканского побережья до Александрии. Но хотя они оставались в море с начала сентября до середины ноября, однако вернулись,