Тем временем маломасштабные операции мальтийских рыцарей и их африканских конкурентов шли как обычно, но ни одной стороне не удалось достичь ничего важного. Результатом нападения мальтийцев на Триполи в июне 1639 года стала одна сожженная галера противника, и последующее плавание в Архипелаг оказалось ненамного более успешным: было захвачено только одно турецкое судно, которое вскоре затонуло.
С окончанием Персидской войны появились опасения, что 1640 год станет годом нападения Турции на западных противников, но эта опасность на некоторое время была отсрочена смертью султана. Мальтийцы планировали нападения на судоходство в Сусе, однако им помешала погода. Атака на Голетту 26 августа была успешнее: в ней шесть галер захватили такое же количество парусных кораблей, один – с 46 орудиями, еще два – с 36. После этого они дошли в южном направлении до Морей, но без успеха.
Говорят, что в ходе этого визита мальтийские галеры нарушили венецианский нейтралитет в водах Кефалонии. По утверждению самих рыцарей, жаловаться особо было не на что, но в 1641 году более серьезная ссора была вызвана разграблением судов, принадлежавших греческим подданным республики, мальтийскими каперами. Нарушители были наказаны, а их жертвы получили компенсацию, но отношения между Венецией и Мальтой остались далекими от дружелюбных. Венецианцы настаивали, чтобы в будущем мальтийские корабли не только держались подальше от их территорий, но и не нападали на турок в пределах их видимости.
Мальтийское плавание в Архипелаг в этом году было прервано, когда поступили известия о присутствии неподалеку 10 турецких галер. После этого была сделана попытка захватить семь кораблей из Бизерты, замеченных к северу от Мессинского пролива, однако она не удалась. Противник вернулся в Бизерту с двумя призами, пока мальтийцы искали их у Порто-Фарина и Голетты.
Флагман мальтийской эскадры потерпел крушение в феврале 1642 года возле Палермо. Его заменила новая галера, переданная рыцарям великим герцогом Тосканским. К сожалению, всего лишь через несколько месяцев началась так называемая война Барберини, когда Парма, Модена, Тоскана и Венеция объединились против папских государств, галеры Тосканы и Мальты оказались по разные стороны баррикад. Папа настоятельно требовал поддержки рыцарями его флота. После долгих споров относительно правомерности их использования в войне против других христианских государств три галеры были посланы, однако их генерал Веккиетти, сам флорентиец, получил приказ всячески избегать сражений и выполнил его. Летом он произвел неудачное нападение на судоходство в районе Триполи, сумел сжечь только один корабль из присутствовавших там четырех кораблей и трех галер.
В 1643 году снова возникли немалые трудности при решении, как в дальнейшем использовать мальтийские галеры. Сначала они были посланы в Левант, чтобы проверить сообщение о подготовке турками крупного флота из 70 или 80 кораблей. Они вернулись, подтвердив