Он стал известным специалистом по археологии и древней истории Сибири, Дальнего Востока, Монголии и Средней Азии. Первую свою работу по археологии Лены Алексей Павлович опубликовал в 1926 г. А в 1947 г. защитил докторскую диссертацию на тему «Очерки по древней истории Якутии».
Особое значение имеют работы А.П. Окладникова по древней истории Якутии. Им впервые изучены археологические памятники этого огромного края. Всего им опубликовано более 50 работ по истории, археологии, этнографии и фольклору народов Якутии. Наиболее значительными из них являются «Ленские древности» (1945, 1946, 1950), I том «Истории Якутии», выдержавший два издания (1949, 1955), «Исторический путь народов Якутии» (1942), «Древняя письменность якутов» (1942, совместно с И.И. Барашковым). В целом в трудах А.П. Окладникова впервые восстановлена в общих чертах многовековая история народов огромной территории Якутии со времен палеолита до ее присоединения к России в XVII в.
Сравнивая находки на Верхней Лене и сообщения китайских летописей, он пришел к выводу, что древний тюркский народ, «из которого могли выйти тюркские предки якутов – гуликане, курыканы», жил в Прибайкалье 1500–1000 лет назад, занимаясь скотоводством и земледелием, владел рунической письменностью. Затем, оказавшись на Севере, этот народ утратил многое из своей древней культуры, увеличился в численности за счет ассимиляции соседей, освоил новые земли, продвинувшись за Полярный круг.
А.П. Окладников считал, что именно на Средней Лене произошло формирование новой якутской народности в результате ассимиляции аборигенов с южными пришельцами, которые, общаясь с ними, «изменили свою культуру». Расселение южных предков якутов, по его мнению, шло в два этапа: первый этап завершился около X–XI вв., второй этап – за 100–150 лет до появления русских на Лене.
А.П. Окладников на основании своего исследования писаниц, петроглифов Лены написал очень интересную статью «Космический лось». Ниже приводим статью полностью.
«Материалы ленских писаниц Якутии освещают лишь частный, но во многих отношениях своеобразный вариант эволюции наскальной живописи в письменность, интересный хотя бы уже по той причине, что раньше никто не мог ожидать самостоятельного возникновения ранних форм письма в далекой Якутии, вдобавок в столь отдаленное время, у народов, казалось бы, всегда обреченных идти позади более счастливых собратьев, обитающих в несравненно более благоприятных климатических и природных условиях.
Эти материалы особенно ценны для нас именно потому, что, с одной стороны, напоминают о далеко еще невыясненном в его полном объеме самобытном вкладе народов Севера в сокровищницу общечеловеческого культурного творчества, с другой – лишний