Не зная о гибели Ермака, полагая, что его отряд находится в Сибири, он направил туда сотню стрельцов под руководством Ивана Мансурова. О случившемся с казаками разгроме Мансурову стало известно, когда он прибыл на Урал. Избегая столкновения с воинами Кучума, ввиду малочисленности отряда, он спустился вниз по Иртышу к реке Обь, где и зазимовал, обустроив крепость, которая стала основой города Самары. (Не путать с городом на Волге. Самара есть и в Ираке. Многозначительное и популярное в Евразии слово.)
Вогульские и остяцкие князьки, обнаружив русских, решили вытеснить их и, собрав многочисленные отряды, напали на крепость стрельцов. Бой был ожесточенный и длился целый день. Воины, воодушевленные ожидаемой победой над русскими, принесли своего идола, которому поклонялись, и стали молить о победе и поражении русских.
Мансуров, видя большое количество окруживших его аборигенов и боясь поражения, решил для отражения атаки применить пушку. Прицелившись в идола, прислоненного к дереву, стрельцы сделали удачный выстрел. Раздался гром, от которого воины князьков пришли в ужас. Ядро разбило идол и дерево. Пораженные невиданным грозным чудом русского оружия, вогулы и остяки разбежались.
В подкрепление стрельцам Ивана Мансурова царь направил в Сибирь воевод Сукина Василия и Мясного Ивана с отрядом стрельцов в триста человек. Они остановились на реке Туре, где построили крепость, основу города Тюмень.
Вскоре в Сибирь прибыло еще пятьсот русских воинов во главе с воеводой Иваном Чулковым, которые при слиянии рек Тобола и Иртыша заложили город Тобольск. В 1586 году местные жители стали платить дань русскому царю.
Сибирским воеводой был назначен Семен Дмитриевич Больховский, который стремился завязать дипломатические отношения с местными князьями и племенами с целью признания ими русского подданства. Кучум, оставшись без поддержки и скрываясь от преследования царской власти, потеряв своих родных и близких, погиб от рук своих соплеменников.
К этому времени количество людей, желавших перебраться за Урал, значительно увеличилось. Пришлые люди пробивали дороги в новые места, возводили остроги, организовывали торговлю с местными жителями. Сибирь обживалась как часть Российского государства.
В 1597 году в России был издан закон, согласно которому беглые люди за шесть лет и более, кто бы ни были их прежние хозяева, могли оставаться там, где они нашли своё убежище. Данный закон поощрял свободное заселение Сибири беглыми и невольными людьми.
В 1604 году татарский князь рода Тояна, обосновавшегося на реке Томь, обратился к царю Борису Годунову с челобитной о принятии его в русское подданство и предложением военной помощи для понуждения соседних народов признать царскую власть.
В 1605 году на берегу этой реки был построен город Томск. В глубинке Сибирского края строились новые остроги, которые служили опорными пунктами для сосредоточения казаков с целью отражения набегов враждебных племен и установления правления