В царствование Алексея Михайловича происходят серьезные изменения в политическом устройстве государства. Претерпела изменения приказная система; появились новые приказные учреждения временного и постоянного характера. К временным можно отнести такие из них, как Панихидный приказ, создаваемый на период организации похорон членов царской семьи; приказ боярина Н. И. Одоевского, созданный в 1648 г. для разработки Соборного уложения. Постоянные приказы делились на три большие группы: государственные, патриаршие и дворцовые. Главными среди них становятся: приказ Тайных дел и Счетный приказ. Последний контролировал всю финансовую деятельность в стране, а приказ Тайных дел стал главным над всей приказной системой, осуществляя и надзор за сохранением внутриполитических порядков, в том числе и недопущением противогосударственных слов и дел, Оба они подчинялись непосредственно царю. Все основные государственно-правовые и судебные проблемы стали решаться в основном в приказах.
Система местного управления зависела от административно-территориального устройства государства. Существование уделов и вотчин обусловило сосредоточение всего управления в руках их владельцев. По мере ликвидации уделов формировалось административно-территориальное деление территории всего государства, с назначаемыми на места представителями центральной власти.
В Великом княжестве Московском первоначально наблюдалось развитие иммунителных прав феодалов-вотчинников. Крупные феодалы – «княжата» и бояре – пользовались этими правами без специальных пожалований. Средние и мелкие феодалы добивались особых иммунитетных (жалованных) грамот, где перечислялись их права. На их основании в вотчинах и поместьях создавалась вотчинная администрация, которая ведала судом и данью населения вотчины. Местному управлению запрещалось вмешиваться в вотчинный суд и управление феодалов. В XV и начале XVI в. иммунитет феодалов стал ограничиваться. Рассмотрению местной администрации были переданы наиболее серьезные преступления: душегубство, разбой с поличным и в некоторых случаях татьба с поличным.
В административном делении Великого княжества Московского наиболее крупной единицей был уезд, т. е. город с принадлежащими к его управлению сельскими территориями. На севере административно-территориальными единицами были земли (Новгородская земля, Псковская земля, Вятская земля и т. д.). Уезды и земли по величине были неодинаковы. Они могли охватывать как целые княжества и другие государственные образования, присоединявшиеся к Москве, так и часть их. Административное деление не имело системы и однообразия. Оно слагалось исторически по мере присоединения новых территорий к Москве. Уезды делились на станы, станы – на волости, иногда