Вопросы, подлежащие обсуждению на Соборе, подготавливались Боярской думой, которая имела к этому времени свою канцелярию с дьяками и подьячими, ведущими ее делопроизводство. Процедура проведения заседаний была унаследована Земским собором от Освященного собора, где она была достаточно отработана. Заседания Собора обычно начинались торжественным открытием. Самим царем или от его имени прочитывалась речь, в которой объяснялись причины созыва Собора и формулировались вопросы, подлежащие разрешению. После открытия Собор приступал к обсуждению поставленных вопросов, для этого разделялся на составные части: Боярскую думу, Освященный собор, собрание стольников, московских дворян, стрельцов. Городовые дворяне и посадские делились, кроме того, еще на «статьи». Каждая часть Собора и каждая «статья» решала вопрос отдельно и формулировала решение в письменном виде. Решения эти сводились на втором общем собрании. Обычно эти решения носили рекомендательный характер и служили материалом, выводы из которого делались царем или Боярской думой.
Земские соборы созывались для решения наиболее важных государственных вопросов: для избрания царей, для обсуждения вопросов о войне и мире, для установления новых податей и налогов, для принятия особо важных законов. При обсуждении этих вопросов представители чинов обращались с петициями к правительству. Через Земские соборы поместное дворянство и верхи посада могли влиять на власть, в то же время монарх имел возможность опираться на более широкую социальную базу при проведении своей политической линии.
Начиная с середины XVI в. Земские соборы собирались достаточно регулярно и на них обсуждались и принимались решения по наиболее существенным для жизнедеятельности государства вопросам: войны и мира, налоговой политики, военного устройства и т. п. В первое десятилетие царствования Михаила Федоровича Земский собор имел значение постоянного представительного учреждения. С укреплением власти новой династии перерывы в созыве Соборов все более увеличивались. Последним полномасштабным Земским собором стал Собор 1653 г., на котором решался вопрос о воссоединении Украины с Россией. Земские соборы собирались и позднее (например, при Федоре Алексеевиче на Соборе 1682 г. решался вопрос об отмене местничества), но уже не в полном составе и такого значения, как во второй половине XVI и первой половине XVII в., они уже не имели.
Особое место в политической системе государства занимала Церковь. Церковные иерархи играли важную роль в осуществлении власти и управлении государством. Они участвовали в работе Боярской думы, входили в круг ближайших советников государя.
С 1448 г., когда был избран первый русский митрополит Иона, Русская православная церковь фактически