Великой Отечественной войны (1941–1945 гг.) мы наоборот считаем необходимым выделить в самостоятельный, когда преобразования в военно-судебной системе можно расценивать как проведение военно-судебной реформы военного периода. Существо преобразований в судоустройстве сводилось к следующим моментам.
Во-первых, по существу, действовали параллельно две системы. На территориях, не объявленных на военном положении, сохранялась прежняя система: военные трибуналы гарнизона – военные трибуналы округа – Военная коллегия Верховного Суда СССР (отдел, передислоцированный в г. Чкалов). На фронтах создавались военные трибуналы дивизий (кавалерийских и танковых корпусов) – военные трибуналы армий – военные трибуналы фронтов – Военная коллегия ВС СССР (в составе которой были выделены отдел для рассмотрения дел с применением наказания к расстрелу и отдел для рассмотрения дел, поступающих из военных трибуналов фронтов, с применением иных мер наказания).
Во-вторых, изменился порядок комплектования военных трибуналов.
В-третьих, изменился состав суда: вместо постоянных трех судей – председательствующий – член военного трибунала и два народных заседателя из числа военнослужащих.
В-четвертых, в завершающий период создавались военно-полевые суды для рассмотрения уголовных дел о злодеяниях немецких фашистов и советских граждан, выступавших в роли их пособников.
В-пятых, существенно менялся и порядок судопроизводства для военных трибуналов, действующих во фронтовых условиях. Эти изменения касались прежде всего порядка вступления в законную силу приговоров военных трибуналов к высшей мере уголовного наказания, отмены кассационного обжалования приговоров, предоставления председателям военных трибуналов фронтов и военным прокурорам фронтов права на принесение протестов в порядке судебного надзора с рассмотрением их военными трибуналами фронтов.
Предусматривалось право проводить выездные сессии Военной коллегии Верховного Суда СССР с выездом на фронт 1 члена Военной коллегии и рассмотрением на месте уголовных дел по первой инстанции и дел в порядке судебного надзора с привлечением в состав суда 2-х членов военного трибунала соответствующего фронта. Расширились права военного командования в уголовном процессе. Сократились сроки рассмотрения уголовных дел. Судебное разбирательство, как правило, проводилось без участия государственного обвинения и защитника. Все это позволяет говорить о проведении военно-судебной реформы в условиях военного времени.
С завершением периода военного времени судебная система перестроила свою работу в соответствии с законодательством мирного периода: сократились военные трибуналы, отменялись законы военного времени, сокращалась подсудность уголовных дел военным трибуналам, изменялся порядок комплектования военно-судебных органов. Проводились и существенные демократические преобразования в связи с принятием Основ уголовного судопроизводства СССР и союзных республик 1958 г. и УПК РСФР
