Постановлением СНК СССР от 15 июня 1939 г. утверждено «Положение о Народном комиссариате юстиции СССР», согласно которому задачами НКЮ СССР являлись: организация специальных судов, контроль за состоянием судебных органов и дача руководящих указаний по организации и улучшению работы, подготовка и переподготовка кадров для системы всей системы юстиции. Во исполнение этих задач при НКЮ СССР образовывалось Управление специальных судов СССР с входящим в его состав Отделом военных трибуналов. Функции управления военными трибуналами за исключением судебного руководства перешли от Военной коллегии Верховного Суда СССР к Отделу военных трибуналов НКЮ СССР. Согласно этому Положению в составе НКЮ образовывались: управление общих судов, управление специальных судов, управление учебными заведениями, управление кадров, кодификационный отдел, отдел адвокатуры, отдел нотариата, планово-финансовый отдел, мобилизационный отдел, секретно-шифровальный отдел, контрольно-инспекторская группа при наркоме, секретариат, управление делами, архив[57]. Таким образом, новая система военных трибуналов была создана незадолго до Великой Отечественной войны и не успела окончательно сформироваться, чтобы с первых дней войны начать четко и слаженно функционировать. 13 декабря 1940 г. Президиум Верховного Совета СССР принял Указ «Об изменении подсудности военных трибуналов»[58]. Данным Указом к подсудности военных трибуналов были отнесены все дела о преступлениях, совершенных военнослужащими и военнообязанными во время военных сборов, независимо от того, по какой статье квалифицируется преступление. Из подсудности военных трибуналов исключались дела о преступлениях, совершенных работниками военизированных организаций, за исключением лиц строевого и административно-хозяйственного состава милиции и оперативного состава органов государственной безопасности НКВД СССР, направленных против установленного порядка несения службы.
Важнейшими законодательными актами в области советского уголовного процесса в период Великой Отечественной войны были Указ Президиума Верховного Совета СССР от 22 июня 1941 г. «О военном положении» и «Положение о военных трибуналах в местностях, объявленных на военном положении, и в районах военных действий»[59]. Первый из названных актов был создан для определения порядка регулирования общественных отношений на период военного времени. Однако один этот указ не мог охватить своим воздействием весь круг общественных отношений, которые возникли с началом войны, поскольку для осуществления эффективного управления страной необходим целый ряд законодательных актов, заранее разработанных и корреспондирующих друг с другом. Указ передавал все функции органов государственной власти в области обороны в местностях, объявленных на военном