Впервые положения «Военно-судебного устава 1867 г.» были применены на практике во время Русско-турецкой войны 1877–1878 гг. В связи с началом войны отдельные местности Кавказского наместничества, Бессарабская губерния, приморские уезды Херсонской и Таврической губерний и Крымский полуостров были объявлены на военном положении. На время войны в Действующей армии были сформированы постоянный полевой военный суд и 6 временных полевых военных судов. Однако военные суды Действующей армии функционировали не в таком составе, как это предусматривалось «Военно-судебным уставом 1867 г.». Уже в самом начале войны Главнокомандующий Действующей армией распорядился сократить временных членов временных полевых военных судов с 6 до 3 офицеров каждого суда[45]. Кроме того, в Кавказской армии (в отличие от Действующей армии) полевые военные суды не учреждались вовсе, а юрисдикция подсудности уголовных дел в отношении военнослужащих войск армии осуществлялась, как и в мирное время, Кавказским военно-окружным судом, с тем лишь различием, что при рассмотрении дел суд руководствовался процессуальным законодательством, установленным «Военно-судебным уставом 1867 г.», для войск и местностей, объявленных на военном положении. В Действующей и Кавказской армиях функционировали также полковые суды, учрежденные на основании «Военно-судебного устава 1867 г.», которые являлись (наряду с полевыми военными судами) судами первой инстанции. В соответствии с «Военно-судебным уставом 1867 г.» в Действующей и Кавказской армиях в качестве суда второй инстанции должны были также образовываться полевые главные военные суды. Однако этого не было сделано в силу кадровых, финансовых и организационных причин. Вместо них были образованы кассационные присутствия, в составе которых разрешалось не иметь лиц военно-судебного ведомства (т. е. профессиональных военных юристов), но которые, тем не менее, наделялись правами Полевого главного военного суда. Кроме того, многие воинские начальники всех рангов часто прибегали к недозволенным мерам расправы над подчиненными без всякого суда[46].
В период Русско-японской войны 1904–1905 гг. для осуществления правосудия в Действующей русской армии в Маньчжурии в феврале 1904 г. был сформирован Военный суд Маньчжурской армии. В октябре 1904 г. Маньчжурская армия была развернута в 1-ю, 2-ю